Obtenção e análise de sequências similares a Tnt1 em espécies nativas de Petunia Juss.(Solanaceae) - Kriedt, Raquel Athayde (2012)
Elementos de transposição são caracterizados como segmentos de DNA capazes de mover-se no genoma em que estão inseridos. A diversidade e abundância desses elementos variam de espécie para espécie, sendo sua distribuição nem uniforme, nem aleatória. Com a grande quantidade de informações provenientes de projetos genoma, a busca de um sistema universal para classificação desses elementos é uma constante. Atualmente, elementos de transposição são divididos em duas classes, sendo os elementos da classe I, ou retrotransposons, divididos em cinco ordens. A ordem mais abundante em plantas é a dos LTR retrotransposons, no qual se insere a superfamília Ty1/Copia. Essa superfamília apresenta diversas famílias de elementos, dentre elas a família Tnt1. Tnt1 foi o primeiro elemento de transposição caracterizado na família Solanaceae, sendo um dos retrotransposons mais bem estudados em plantas. Originalmente isolado do genoma de Nicotiana tabacum, elementos similares a Tnt1 já foram encontrados em pimenta, berinjela, tomate, batata, e em petúnias de jardim. Dessa forma, o objetivo do presente trabalho foi caracterizar a diversidade dos retrotransposons com LTR do clado Tork da superfamília Copia, relacionados ao elemento Tnt1, em espécies nativas do gênero Petunia. Para tanto, sequências foram obtidas a partir de reação de PCR com primers já descritos na literatura, com posterior clonagem dos fragmentos obtidos, e sequenciamento dos clones. Um total de 148 sequências únicas foram obtidas de 21 taxa diferentes, incluindo três espécies de Calibrachoa e uma espécie de Fabiana, ambos os gêneros relacionados à Petunia. Análises de relacionamento entre as sequências sugerem a classificação dessas em dez diferentes famílias de retrotransposons com LTR do tipo Copia (RLC), muitas com baixa diferenciação entre as sequências de uma mesma família. Entre essas, uma família de sequências quase que exclusiva de taxa encontrados em substrato com baixa umidade. Para uma visão mais completa, representantes dos diferentes grupos de Tnt1, Retrolyc1, e Retrosol foram incluídos na análise. Foi possível observar que as sequências obtidas no presente trabalho não são compartilhadas entre os elementos dos demais gêneros incluídos. As diferentes sequências aqui obtidas possibilitaram estudos de relacionamento e diversidade, e abrem portas para a utilização desses elementos em estudos subsequentes nos gêneros em questão, assim como em outros gêneros relacionados, uma vez que a conservação de partes do elemento é bastante grande.