Bibliotecas de AGO-IP de flores de Arabidopsis thaliana contêm RNAs circulares que podem atuar como esponjas de miRNAs - Capelari, Érika Frydrych (2018)
RNAs endógenos competitivos (ceRNAs) são transcritos naturais que atuam como esponjas endógenas de miRNAs, modulando a ação de miRNAs sobre mRNAs-alvo. RNA circular (circRNA) é uma dentre as várias classes de ceRNA. circRNAs são produzidos a partir de um processo chamado backsplicing. CircRNAs já foram identificados em diversos eucariotos; no entanto, nas plantas, ainda não foi demonstrado se estes são capazes de atuar como esponjas eficazes de miRNAs. Dados públicos de RNAseq de bibliotecas de imunoprecipitação de Argonauta (AGO-IP) a partir de flores de Arabidopsis thaliana foram utilizados em um método multi-comparativo de análises de bioinformática para identificar potenciais RNAs circulares. Utilizando cinco diferentes métodos, foram preditos de 15 a 27812 circRNAs com pelo menos dois reads na junção do backsplicing. Posteriormente, a plataforma psRNAtarget foi utilizada para discriminar os circRNAs com sítios de ligação de miRNAs, que potencialmente possam estar atuando como esponjas. Como a AGO forma um complexo ternário com miRNA e mRNA-alvo, também foram comparadas as contagens de alvos em bibliotecas AGO-IP e controle, demonstrando que os mRNAs-alvo desses miRNAs também estão enriquecidos nas bibliotecas AGO-IP. Neste trabalho, foram encontrados dois prováveis circRNAs que podem potencialmente funcionar como esponjas de miRNA. Esse achado contribui para um melhor entendimento desta nova forma de regulação transcricional e pós-transcricional em plantas, ampliando o conhecimento e aplicações do tema.