Bacterial composition of microbiome associated to supragingival biofilm in health and caries disease - Corralo, Daniela Jorge (2018)
Esta pesquisa comparou o perfil e diversidade da composição bacteriana do biofilme supragengival coletado em diferentes condições bucais de sujeitos carie ativos, carie inativos e livres de caries. Dezesseis indivíduos (13-76; med=23.5 anos), selecionados na Faculdade de Odontologia da Universidade Federal do Rio Grande do Sul, foram alocados em três grupos: cárie ativos (CA) (n=7); cárie inativos (CI) (n=3); e, sem experiência de cárie (CF) (n=6). Vinte e uma amostras de placa supragengival (“pool”) foi obtida dos sujeitos CA a partir de três condições de saúde dental: LNCA: lesão não cavitada ativa (n=7); LNCI: lesão não cavitada inativa (n=7); S: superfície saudável. O biofilme supragengival foi coletado depois de 12 horas sem escovação dental, armazenado em solução estabilizadora de RNA, concentrado e congelado a -80oC. O RNA total foi extraído utilizando Lisozima e o kit UltraClean® Microbial RNA Isolation (MO-BIO). As bibliotecas genômicas foram preparadas com o protocolo True Seq® Sample Preparation Guide, Low Sample (LS) Protocol Illumina (Illumina, Inc., San Diego, CA) e sequenciadas no sequenciador Illumina HiSeq 3000, resultando em bilhões de 2x150 pares de base. As sequencias foram enviadas para o servidor MG-RAST (Metagenomics Analysis Server) para as analises de bioinformática. Sequência de alta qualidade (3,542,190) foram agrupadas em unidades taxonômicas operacionais (OTUs; 97% identidade; SILVA SSU), representando 915 gêneros independentes pertencentes a 29 filos, quatro considerados com elevada abudancia (Actinobacteria, Firmicutes, Bacteroidetes and Fusobacteria). Todos os sujeitos compartilharam 4493 OTUs (123 gêneros), indicando a presença de um microbioma central da placa dental. A analise de alfa diversidade revelou uma menor diversidade microbiana para os sítios saudáveis dos sujeitos carie ativos versus os dos sem carie (CA-S vs CF-S), e para os sujeitos carie ativos versus os sujeitos sem carie (CA vs CF). Os generos dominantes incluiram Actinomyces, Corynebacterium, Capnocytophaga, Leptotrichia, Veillonella, Prevotella, Streptococcus, Eubacterium e Neisseria. Veillonella e Leptotrichia foram correlacionados positivamente com caries, e Prevotella com saúde. Corynebacterium e Capnocytophaga estavam mais próximos do que Actinomyces, mas aguparam-se juntos formando um importante “cluster” com elevada abundância tanto em saude como em doença. A análise da Ordenação por Escalonamento Métrico Multidimensional mostra que os sítios nos sujeitos carie-ativos (CA-LNCA, CA-LNCI e CA-S) estão mais próximos uns dos outros do que os sujeitos CI-LNCI ou dos sujeitos CF. Nós observamos um alto nível de diversidade da fração ativa da comunidade bacteriana (abordagem baseada em RNA) que está relacionada com o elevado número de organismos detectados no biofilme supragengival e não devido a espécies mortas ou inativas, destacando que a cárie dentária é uma doença polimicrobiana, onde consórcios microbianos multiespécie são metabolicamente ativos nas lesões. As comunidades bacterianas supragengivais apresentam uma semelhança intrapessoal, mas a diversidade interpessoal e a composição bacteriana diferente revelam que o status de atividade de cárie do indivíduo é mais importante do que os sitios.