Identificação e quantificação de haplótipos intra-hospedeiro e sua correlação com parâmetros sanguíneos em gatos infectados com o vírus da leucemia felina - Stone, Nicole Vieira (2023)
O vírus da leucemia felina (FeLV) é um Gammaretrovirus que afeta felinos domésticos e selvagens. Sua replicação ocorre na medula óssea e em células linfoides, o que favorece infecções secundárias e reduz a expectativa de vida dos animais infectados. O curso clínico da doença pode ser abortivo, regressivo, progressivo ou focal, e é influenciado principalmente pelo sistema imune do animal infectado. Sendo um retrovírus, o FeLV apresenta uma elevada taxa de mutação, o que gera uma alta produção de variantes virais na população infectada. O sequenciamento de alto rendimento (HTS) pode ser usado para identificar e rastrear as variantes genéticas dentro de uma população viral ao longo do tempo. Compreender a diversidade genética intra-hospedeiro do FeLV é importante para entender a dinâmica evolutiva do vírus e seu impacto no desenvolvimento da doença. A análise filogenética do gene env surgiu como uma abordagem para a diferenciação das variantes do vírus, levando em conta diferenças genéticas em vez da apresentação clínica. Essas variantes, conhecidas como quasispecies ou haplótipos, são uma tentativa do vírus de obter vantagens adaptativas sob pressões seletivas. Neste estudo, o HTS foi usado para identificar haplótipos intra-hospedeiro e avaliar seu impacto nos parâmetros hematológicos em animais infectados pelo FeLV. Foram analisados eritrogramas e leucogramas de 18 gatos infectados por FeLV. O DNA total foi extraído de amostras de sangue, seguido de amplificação por PCR do gene env completo. Após a extração e purificação das bandas de aproximadamente 2,5 kb do gel de agarose, as amostras foram preparadas para HTS. As reads obtidas foram trimadas e alinhadas com a sequência de referência da região SU. Os haplótipos minoritários foram identificados usando o programa CliqueSNV. Eventos de recombinação foram detectados usando vários métodos, e uma árvore filogenética foi construída usando o programa IQ-TREE. Análises estatísticas foram realizadas para avaliar correlações e diferenças entre o número de haplótipos presentes em cada animal e as alterações sanguíneas encontradas. Nenhuma correlação significativa foi detectada entre a idade ou alterações sanguíneas de gatos FeLV-positivos e o número de quasispecies intra-hospedeiro. Ademais, não foi observada diferença significativa entre o número de haplótipos e a presença de anemia. No entanto, foi identificada uma diferença significativa no número de haplótipos entre gatos que apresentavam alteração nos testes hematológicos e aqueles que apresentavam valores dentro dos intervalos de referência.