Estudo conformacional do complexo proteico DDB2-DDB1 e suas diferentes variantes mutantes na doença Xeroderma pigmentosum - Feltes, Bruno César (2017)
Uma das dificuldades no entendimento da doença Xeroderma Pigmentosum (XP) é a falta de dados estruturais das proteínas XPA até XPG, cuja inatividade ou disfunção levam ao seu desenvolvimento. Nesse sentido, a proteína DDB2, produto do gene XPE, atua no reconhecimento de danos ao DNA, nos primeiros passos da via de Reparo por Excisão de Nucleotídeos, a principal via molecular afetada na doença. Da mesma forma, pacientes com desregulação em DDB2 possuem uma das maiores incidências de câncer de pele dentre os subtipos de XP, tornando seu entendimento importante para as ciências biomédicas. Atualmente, DDB2 é a única proteína XP cuja estrutura tridimensional está 90% elucidada, contudo, pouco de sabe sobre seu comportamento molecular e como as mutações encontradas em pacientes com XP afetam seu funcionamento e sua ligação com a proteína DDB1, sua principal parceira molecular. Sendo assim, esta tese de doutorado tem como objetivo caracterizar o comportamento molecular de DDB2 e as variantes mutantes R273H, L350P e K244E, assim como DDB2 complexada com DDB1 e como as diferentes mutações afetam o complexo DDB2-DDB1. Para tanto, análises por dinâmica molecular e redes dinâmicas foram empregadas para cada sistema selvagem e mutante. Os dados revelaram que todas as variantes mutantes apresentam um aumento de rigidez em DDB2. Adicionalmente, uma região específica, resíduos 354 até 371, mostrou-se fortemente afetada nos mutantes e parece ter conexão com seu estado conformacional. Quando complexada, todos mutantes de DDB2 geraram uma proteína mais rígida. A mutação L350P alterou a interação entre DDB2 e DDB1, originando uma interação mais fraca. A mutação R273H, assim como a L350P, alterou o domínio de ligação ao DNA de DDB2, e este mesmo domínio pareceu ser instável comparado à forma selvagem. A mutação K244E mostrou uma alteração de ligação entre o domínio de ligação do DNA de DDB2 e DDB1, indicando um complexo com perda de função de reconhecimento. Sendo assim, os dados forneceram informações críticas para o entendimento de como as mutações vistas em XP, tipo E, afetam DDB2 e seu complexo com DDB1.