Aplicação de biologia de sistemas na identificação de novos biomarcadores no transtorno depressivo maior - Azevedo, Sofia Cid de (2024)
Introdução: O transtorno depressivo maior (TDM) é um transtorno altamente prevalente e debilitante, mas sua fisiopatologia ainda não foi totalmente elucidada. O objetivo deste estudo é identificar novas proteínas e processos biológicos potencialmente associados ao TDM, por meio de uma abordagem de biologia de sistemas. Metodologia: Artigos originais descrevendo a dosagem de proteínas no sangue de pacientes diagnosticados com TDM foram selecionados. Dados sobre as proteínas diferencialmente expressas (PDEs) em cada artigo foram extraídos e importados para o R, e o pacote pathfindR foi usado para identificar os principais termos de ontologia genética envolvidos. Dados do banco de dados STRING foram combinados com as PDEs identificadas nos estudos originais para criar redes expandidas de interações proteína-proteína (IPPs). Um algoritmo foi desenvolvido no R para obter as cinco conexões mais confiáveis de cada PDE e criar as redes, que foram visualizadas através do software Cytoscape. Resultados: Dos 510 artigos encontrados, oito que continham todos os valores necessários para a análise foram selecionados, incluindo 1112 pacientes adultos (67,8% mulheres) com TDM e 864 (62,2% mulheres) controles. Um total de 240 PDEs foram identificadas, com o termo de ontologia genética mais significativo sendo “lúmen do retículo endoplasmático” (46 PDEs, valor de p = 5,5x10-13). Uma rede estendida de IPPs foi construída, na qual a proteína Anoctamina-8, que não foi identificada em nenhum dos estudos proteômicos, foi a proteína mais central. Conclusão: A aplicação de técnicas de biologia de sistemas contribuiu para a interpretação dos dados obtidos em estudos de proteômica aplicada ao TDM, expandindo os achados destas pesquisas. O uso combinado dessas metodologias pode fornecer novos insights sobre a fisiopatologia dos transtornos psiquiátricos, identificando novos biomarcadores para melhorar as estratégias de diagnóstico, prognóstico e tratamento no TDM.