Estudo in silico da reatividade cruzada entre epitopos de hantavírus - Rigo, Maurício Menegatti (2011)
Diariamente, o organismo humano é desafiado através da invasão de patógenos. No caso da invasão viral, o principal meio de defesa ocorre através do Receptor de Linfócito T (TCR), o qual interage com o peptídeo viral (epitopo) que é apresentado pelo Complexo Principal de Histocompatibilidade de classe I (MHC-I). Dada a imensidão de epitopos possíveis e a limitação do organismo em possuir um único TCR para reconhecer cada antígeno, o sistema imunológico desenvolveu o mecanismo de reatividade cruzada, através do qual um mesmo TCR pode reconhecer diferentes epitopos virais. Nesse trabalho nos propomos a estudar a seqüência da proteína de nucleocapsídeo (proteína N) de diferentes espécies do gênero Hantavírus através de uma abordagem in silico, utilizando ferramentas de imunoinformática. No primeiro trabalho (capítulo dois) apresentamos uma revisão sobre o uso de ferramentas de imunoinformática na resolução de problemas relacionados à imunogenicidade. No terceiro capítulo, analisamos a seqüência de aminoácidos da proteína N de 34 espécies do gênero Hantavírus. Nossos resultados mostraram que epitopos murinos localizam-se preferencialmente em áreas conservadas dentro do alinhamento de sequencias da proteína N. Duas regiões da proteína N – N94-101 e N180-188 - de três espécies virais – Sin Nombre (SNV), Puumala (PUUV) e Hantaan (HTNV) - possuem aminoácidos com grande similaridade físico-química, mas geram respostas imunológicas diferenciadas. Portanto, no quarto capítulo, nosso objetivo foi construir os complexos pMHC referentes às regiões N94-101 e N180-188 da proteína N das espécies SNV, PUUV e HTNV através de uma abordagem in silico desenvolvida pelo nosso grupo e analisar as diferenças estruturais e moleculares que possam estar envolvidas na indução da resposta imunológica diferenciada observada in vitro. Nossos resultados mostram uma diferença no padrão de cargas entre os complexos pMHC de SNV/PUUV e HTNV referente à região N94-101 e uma diferença na topologia referente à região N180-188. Nosso trabalho foi o primeiro a analisar os mecanismos de reatividade cruzada entre epitopos da proteína N de espécies virais do gênero Hantavírus a partir da construção de complexos pMHC partindo da estrutura primária dos epitopos. Ainda, ao final da dissertação, é apresentado um trabalho que visa, através da docagem e dinâmica molecular, diferenciar bons e maus ligantes de MHC-I.