Fagos e cárie radicular : análise do metatranscriptoma - Chies, Suéllen Panissi (2024)
A cárie dentária é a doença crônica mais prevalente no mundo, que afeta ou já afetou cerca de 80% da população humana, segundo dados da Organização Mundial de Saúde (OMS). A cárie radicular ocorre devido a exposição do cemento ou dentina e especialmente está aumentando, provavelmente devido a uma retenção maior de dentes na população mundial. Apesar da cárie ser uma doença multifatorial, os microrganismos do microbioma oral constituem-se como fatores etiológicos primários para a ocorrência da doença. Os fagos estão presentes em abundância nos nichos ecológicos humanos, inclusive na cavidade bucal e devido a sua função lítica e sua função lisogênica podem ter um papel tanto na saúde quanto na doença do hospedeiro. O objetivo deste estudo é identificar os fagos presentes no biofilme e que estariam envolvidos na cárie radicular (RC n=9) e em superfícies radiculares sem a doença (SRS n=10) ao combinar a anotação taxonômica e funcional de dados do metatranscriptoma. Os dados de leitura de sequência foram obtidos como arquivos FASTQ. Anotações taxonômicas e proteicas foram obtidas usando o banco de dados do NCBI. A normalização dos dados dos fragmentos foi realizada utilizando o pacote R DESeq2. A análise estatística para inferir a expressão gênica diferencial entre os grupos de amostras SRS e RC foi realizada utilizando esse mesmo pacote. O número de genes superexpressos e diferencialmente expressos em cada grupo foram calculados e plotados usando o pacote R DEvis. Três tipos de vírus Caudovirale foram identificados a partir dos nossos dados: Myoviridae, Herelleviridae e Siphoviridae. Quase todos esses vírus eram fagos de Lactobacillus e expressavam genes que foram significativamente e positivamente regulados nas amostras de RC (log2FC variando de –27,7 a –2,7). Os fagos que apresentam expressão diferencial em doença com significância estatística são: Lactobacillus phage phiAQ113, Lactobacillus phage Lfelnf, Lactobacillus phage Lrm1, Lactococcus phage Q33, Lactobacillus prophage Lj771, Lactobacillus phage KC5a e Lactobacillus phage Ldl1 (proteína da fita métrica), o que vai de acordo com os fagos que apresentaram a maior magnitude de diferença entre pacientes SRC e RC. Também, dois fagos de Streptococcus foram encontrados em nosso estudo, o fago M102AD e IPP24 ambos encontrados em maior quantidade em pacientes RC, no entanto sem diferença estatística. Os genes expressos nesse estudo codificam para partes estruturais dos fagos (placa, capsídeo, cauda e DNA polimerase), lisina e proteínas hipotéticas ainda sem função definida. Neste estudo todos os fagos foram 7 encontrados em maiores quantidades em pacientes que apresentam lesões de cárie ativa indicando que estes fagos possam estar associados ao surgimento e manutenção desta doença, porém mais estudos são necessários para podermos de fato associar os fagos com a doença cárie e também para conhecermos melhor os fagos e suas funções dentro do microbioma oral humano.