Estimativas de endogamia e seus efeitos em características de crescimento, fertilidade e eficiência alimentar em bovinos Nelore - Bem, Ricardo Dutra do (2023)
A massiva utilização de um reduzido número de indivíduos de maior valor genético, maximizada pelas biotecnologias da reprodução, acarreta a criação de indivíduos que compartilham entre si, maiores proporções de alelos idênticos por descendência (IBD). A endogamia pode levar à fixação de alelos deletérios e à diminuição da diversidade genética, o que pode afetar a produtividade. Os objetivos do presente trabalho foram identificar e caracterizar as corridas de homozigose (ROH), avaliar as correlações entre os coeficientes de endogamia baseados no pedigree (FPED), na matriz genômica H (FH) e em corridas de homozigose (FROH), avaliar a evolução dos coeficientes médios de endogamia na população, e por fim, estimar os efeitos da endogamia global, calculada por diferentes metodologias, e cromossomo-específico (FROH_CHR) sobre características de crescimento: peso ao nascer (PN), peso ajustado para 210 dias (P210) e peso ajustado para 378 dias (P378); de fertilidade: perímetro escrotal (PE) e de eficiência alimentar: consumo alimentar residual (CAR), utilizando uma população fechada da raça Nelore. O arquivo de pedigree continha 12.568 animais, dos quais 2256 eram genotipados. Os animais genotipados em painéis de menor densidade foram imputados para o painel Illumina BovineHD BeadChip (770k, Illumina Inc.). As estimativas do efeito da endogamia para FPED, FH, FROH e FROH calculado para as classes de comprimento 1-2 Mb (FROH1), 2-4 Mb (FROH2), 4-8 Mb (FROH3), 4-16 Mb (FROH4) e > 16 Mb (FROH5), foram obtidas inserindo os coeficientes de endogamia como covariáveis no modelo animal. Foram encontradas 70,24±14,25 ROH’s por animal, com comprimento médio de 4,43 Mb. A endogamia média dos animais genotipados foi de 0,039±0,019 para FPED, 0,041±0,044 para FH e 0,128±0,031 para FROH. A correlação entre FPED e FROH foi de 0,60, enquanto a correlação entre FH e FROH foi de 0,69. Entre 1977 e 2020 os coeficientes de endogamia apresentaram taxas de aumento ao ano de 0,1% para FPED, e 0,2% para FH e FROH. Para PN o efeito de FPED, FH e FROH5 foram significativos, variando de -0,047±0,016 a -0,104±0,042 kg. Foi encontrado efeito significativo de FROH5 sobre as características de crescimento atingindo diminuição de -1,327±0,495 kg no P378. Outros quatro coeficientes (FPED, FH, FROH2, FROH) afetaram de maneira significativa o P378. Foi encontrado efeito negativo do FPED sobre o CAR (0,010±0,0002 kg MS/dia) e de FROH sobre PE (-0,056±0,022 cm). O FROH_CHR, calculado a partir do BTA3, BTA5 e BTA8 afetaram de maneira significativa as características de crescimento. Os coeficientes genômicos, além de possibilitar a diferenciação entre indivíduos de mesma ordem de parentesco, estiveram relacionados a efeitos desfavoráveis sobre as características avaliadas com maior frequência, em comparação ao FPED, e, portanto, devem ser utilizados como ferramenta de gestão da endogamia para manutenção da diversidade genética nas populações.