Identificação de novos RNAs não codificadores (ncRNAs) associados com a carcinogênese colorretal - Minutentag, Iael Weissberg (2023)
Os cânceres colorretais (CCRs) proximal e distal apresentam características moleculares e prognósticas diferentes. Os microRNAs (miRNAs) desempenham um papel relevante no câncer, sendo também associados com a carcinogênese colorretal. Novos miRNAs tecido-específicos e ainda não anotados foram relatados em diferentes tumores, indicando que novos mecanismos reguladores específicos de tecido podem contribuir para a carcinogênese. Assim, neste estudo investigamos a expressão de novos miRNAs em CCR, comparando CCR proximal e distal. Dados brutos de small-RNA-Seq foram obtidos de repositórios públicos e avaliados pela na plataforma mirMaster para identificação dos novos miRNAs. Dados de 522 CRC e 11 tecidos normais do TCGA (grupo de descoberta), e 35 CRC e 20 normais do GEO (GSE89974, grupo de validação) foram analisados. Especificidade tecidual foi avaliada comparando os novos miRs identificados nos tecidos normais de cólon com os miRs identificados pela plataforma miRMaster a partir de dados de small-RNAseq de 5 tecidos normais do TCGA: bexiga, fígado, cérebro, mama e pulmão. Genes alvos dos novos miRNAs foram identificados pela ferramenta miRDB e seus padrões de expressão foram avaliados pelo UCSC Xena Browser. Após sucessivas análises e filtragens identificamos 15 novos miRs candidatos expressos diferencialmente entre CRC e amostras normais, detectados em ambos os grupos de descoberta e validação. Caracterização molecular dos novos miRs mostrou similaridade com miRs conhecidos tais como, conteúdo de GC, tamanho, localização genômica em regiões contendo miRs conhecidos e em regiões de sítios frágeis cromossômicos. Quatro novos miRNAs se mostraram expressos diferencialmente entre CRC proximal e distal, sendo 3 novos miRNAs com níveis mais altos nos (miR-13844-5p, nov-miR-7154-5p e nov-miR-590-5p) e 1 (nov-miR-5035-3p) com níveis diminuídos nos tumores distais comparados aos proximais. Na análise de especificidade tecidual 2 novos miRs (nov-miR-3345-5p e nov-miR-13172-3p) foram identificados apenas nos tecidos colorretais. Níveis mais altos de nov-miR-3345-5p e nov-miR-7154-5p foram associados com menor sobrevida em pacientes com tumores do cólon direito e reto, respectivamente. Análise de predição de alvos dos 15 novos miRNAs revelou 2.412 genes. Análise de correlação dos pares miRNA-gene alvo identificou correlação negativa significativa entre 8 novos miRNAs (6 com expressão aumentada e 2 diminuídos) e 81 genes alvos. A seguir, 47 dos 81 genes foram identificados com algum tipo de interação gênica, sendo esses genes regulados por 7 miRNAs candidatos. Os genes CACNA1B e DLG2 mostraram o maior número de interações com outros genes sendo regulados pelo nov-miR-8861-5p e nov-miR-13172-3p, respectivamente. O nov-miR-8861-5p aparece como o miRNA regulando o maior número de genes (32 genes alvos) com interações entre si. Em resumo, identificamos 15 novos miRs expressos em tecidos de colorretal, sendo que três candidatos são expressos exclusivamente em tecidos colorretais. Além disso, a detecção da expressão diferencial de novos miRs e seus genes alvos entre tumores de cólon direito, cólon esquerdo e reto sugere alterações específicas de cada localização, que podem estar associadas com as diferenças clínicas e de progressão desses tumores. Esses resultados indicam a potencial relevância desses novos miRs para a biologia dos tumores colorretais do CCR e possíveis aplicações futuras como biomarcadores em CRC e alvos terapêuticos.