Caracterização de Retrotransposons com LTR no gênero Eucalyptus - Marcon, Helena Sanches [UNESP] (2014)
Os retrotransposons com LTR (long terminal repeats) (LTR-RTEs) são os componentes mais abundantes nos genomas vegetais. Eles são divididos em duas superfamílias, Copia e Gypsy, de acordo com a ordem dos domínios internos e com a similaridade das sequências. São conhecidos pela sua natureza ubíqua e plasticidade, o que os leva a serem explorados como ferramentas para o desenvolvimento de marcadores moleculares, utilizando-se assim o padrão de inserção dos LTR-RTEs para geraçã o de polimorfismos. As famílias de LTR-RTEs apresentam número de cópias variável dentro de um mesmo genoma, mas a amplificação de poucas famílias pode contribuir com grandes diferenças de tamanho entre genomas próximos. Em plantas do gênero Eucalyptus existem poucos estudos relacionados aos LTR-RTEs, que geralmente limitam-se a análises em bancos de dados privados. Este trabalho tem como objetivo a caracterização de LTR-RTEs transcricionalmente ativos pertencentes as superfamílias Copia e Gypsy, encontrados no genoma de eucalipto. A partir de análises preliminares de bioinformática, um total de nove famílias de LTR-RTEs foram identificadas; os elementos da superfamília Copia foram classificadas em cinco linhagens e elementos da superfamília Gypsy foram divididos em três linhagens. As análises in silico no genoma draft de Eucalyptus grandis identificaram que as famílias caracterizadas possuem entre 38 e 290 cópias. Os LTR-RTEs foram utilizados para o desenvolvimento de marcadores moleculares IRAP, REMAP e RBIP, que foram avaliados em cinco espécies de eucalipto. Dezesseis primers IRAP foram avaliados e um total de 1521 fragmentos foram gerados, com 321 fragmentos polimórficos, em um intervalo de 250 a 2500 bp e uma média de 19,01 fragmentos amplificados por primer. Vinte e oito combinações de primers REMAP foram avaliadas e geraram 1910 fragmentos, dos quais 492 são polimórficos, em um intervalo de 200 a 1250 bp, com uma média de ...