Análise da expressão gênica celular e viral durante a infecção in vitro pelo herpesvírus canino 1 - Kurissio, Jacqueline Kazue [UNESP] (2017)
A análise de transcriptoma é essencial para determinar a relação entre as informações codificadas num genoma, a sua expressão e variação genotípica. O transcriptoma é o conjunto completo de transcritos e a quantidade gerada, relacionado a um estágio de desenvolvimento específico ou condição fisiológica da célula. Estes transcritos podem ser mapeados utilizando genomas como referência, para investigação de expressão do genes. Para isso, exige procedimentos de mineração de grandes volumes de dados de RNA-Seq para extrair conhecimentos biológicos. As ferramentas de bioinformática foram desenvolvidas para facilitar e agilizar essas análises, transformando dados em informações. Assim, alguns desses recursos foram empregados na análise de dados gerados pelo RNAseq, a partir de RNAm de cultura celular MDCK infectada por herpesvírus canino tipo 1 (1CaHV-1 - Canid alphaherpesvirus type 1) em diferentes momentos pós infecção. Dessa forma, foi realizado um dual RNAseq, em que foi avaliado tanto a expressão gênica celular do hospedeiro como do patógeno viral, no curso da infecção. Para isso, foram analisados o transcriptoma das atividades celulares e os processos envolvidos no ciclo de infecção viral, até o momento 32h-pi. Assim, foram identificados as atividades de respostas celulares à infecção viral, mecanismos regulatórios induzidos pelo vírus, transcrição de genes virais imediatos, iniciais e tardios. Dentre eles, foi verificado a elevação da expressão do gene COX-2 induzido pela replicação viral, sendo relacionado à hipóxia e apoptose. Tal fato levanta a possibilidade do uso de inibidores seletivos de COX-2 para interrupção do ciclo de replicação viral e no tratamento da infecções por CaHV-1. Também verificou-se que não ocorreu a cascata de indução da expressão de genes do ciclo de infecção forma temporal e ordenada. No qual foi verificado a expressão de genes tardios precocemente, e genes imediatos e iniciais permanecendo a expressão tardiamente. Até o momento foi primeiro trabalho realizado de dual RNAseq para análise de expressão gênica celular e viral para CaHV-1.