Application of artificial neural networks to genome-enabled prediction in Nellore cattle - Ribeiro, André Mauric Frossard (2019)
Nos últimos anos, o rápido desenvolvimento de tecnologias de sequenciamento de alto rendimento permitiu a genotipagem em larga escala de milhares de marcadores genéticos. Diversos modelos estatísticos foram desenvolvidos para predizer os valores genéticos para traços complexos usando as informações de marcadores moleculares em alta densidade, pedigrees ou ambos. Esses modelos incluem, entre outros, as redes neurais artificiais (RNA) que têm sido amplamente utilizadas em problemas de previsão em outros campos de aplicação e, mais recentemente, para predição genômica. O objetivo deste trabalho foi avaliar o desempenho de redes neurais artificiais na predição genômica de bovinos Nelore. Para isso foram testadas diferentes arquiteturas de rede (1 a 4 neurônios em camada oculta), 5 estratégias para seleção de animais com base na acurácia do EBV a serem declaradas para a rede de treinamento como entrada e avaliação de matrizes de relacionamento (NN_G (G como entrada); NN_GD (combinados G com D); e N_Guar (Guar como entrada)) a serem utilizados como entrada para predição genômica em características de peso corporal de bovinos Nelore em relação a modelos de regressão lineares bayesianos hierárquicos (BayesB). . Para isso, utilizou-se o dEBV de 8652 animais genotipados para peso corporal aos 120 dias, 240 dias, 365 dias e 455 dias. Esses animais foram divididos pela acurácia do EBV em população de treinamento e na validação. Todas as estratégias foram repetidas 5 vezes e a correlação entre dEBV e dEBV previsto foi usada como a medida de precisão dos modelos testados. Não havia evidências de que redes mais complexas (com mais neurônios) produzissem melhores previsões quando usamos NN_G ou NN_GD. Possivelmente, isso ocorreu porque o dEBV para o peso corporal foi estimado sob um modelo aditivo de herança em que o mérito genético aditivo tem uma relação linear com os efeitos do SNP. Tanto para NN_G quanto para NN_GD, quanto maior o número de animais na maior população de treinamento, maior foi a capacidade de previsão das características do peso corporal. No entanto, ao avaliar o cenário com o mesmo tamanho da população treinada, podemos observar que os modelos de treinamento com animais com maior acurácia do EBV apresentaram maior capacidade preditiva. Assim, as redes neurais artificiais não são apenas impactadas pelo número de animais no grupo de treinamento, mas também pela precisão do EBV desses animais. Além disso, todos os modelos de redes apresentaram melhores previsões quando comparados com BayesB, para cenários com poucos animais na população treinada, e podem ser uma ferramenta importante para programas ou características que possuem poucos animais genotipados. Também empregamos o agrupamento K-means para relações genômicas aditivas entre todos os animais genotipados para dividir os animais em grupos de treinamento e validação, com o objetivo de aumentar as relações dentro do grupo e diminuir entre grupos para a validação cruzada. O método de agrupamento K-means foi aplicado a uma matriz de dissimilaridade contendo elementos de um menos a relação genômica aditiva entre pares de animais para dividir o animal genotipado em quatro grupos. Os resultados mostram uma variação considerável na precisão entre os grupos. Em geral, as características de peso corporal com maiores valores de herdabilidade (p365 e p455) apresentaram maior precisão de predição. O grupo utilizado como população de referência com menor relação genômica com as populações-teste mostrou que as redes neurais apresentaram pior capacidade de predição quando comparadas às populações de treinamento com maior grau de parentesco com os grupos teste. Assim, podemos concluir que a capacidade de predição genômica de RNA ao usar a matriz G como entrada é dependente do grau de relação genômica entre a população de treinamento e a população de referência.