Associação genômica ampla para características reprodutivas em bovinos da raça Nelore - Matos, Márcia Cristina [UNESP] (2013)
Análises de associação genômica ampla (GWAS) para idade ao primeiro parto (IPP) e duração do período gestacional (PG) em bovinos da raça Nelore foram conduzidas utilizando painel de ~ 777.000 polimorfismos de nucleotídeo de sítio único (SNP). As análises de associação foram conduzidas em três grupos amostrais distintos com seus respectivos dados fenotípicos: 1) IPP em meses para 96 fêmeas, 2) valores genéticos preditos (EBVs) para IPP e PG para 831 touros, e 3) EBVs para IPP e PG para 1.278 fêmeas. Para cada conjunto de dados e para cada marcador, efeitos de substituição alélica foram estimados por meio do método dos quadrados mínimos ponderados e corrigidos para estratificação populacional. Os marcadores apresentando maiores efeitos estimados foram considerados como indicativos de evidência da associação da região cromossômica com o fenótipo investigado. Realizou-se a prospecção de genes candidatos nas regiões detectadas por diferentes metodologias (busca de SNP intragênicos, mapeamento de genes potencialmente em LD com SNP e construção de redes de termos funcionais, além de revisão manual para evidência em processo reprodutivo baseado em literatura científica). Grande número de regiões genômicas foram indicadas pelos efeitos de substituição alélica estimados, os quais apresentaram distribuição esperada para uma característica poligênica. Os resultados obtidos revelaram funções biológicas relacionadas a processos reprodutivos e sugeriram os genes PRKCD (protein kinase C delta type), PRKCE (protein kinase C epsilon type), ITHI-1 (inter-alpha-trypsin inhibitor heavy chain H1 precursor), ITHI-3 (inter-alphatrypsin inhibitor heavy chain H3), ITHI-4 (inter-alpha-trypsin inhibitor heavy chain H4 precursor), BT.62377 (sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium...