Estudo de associação genômica para habilidade de permanência no rebanho na raça Nelore, considerando diferentes idades - Silva, Diogo Osmar (2018)
A habilidade de permanência no rebanho (HPR) é medida tardiamente na vida do animal. Com isso, quando esta característica é usada como critério de seleção, o intervalo de geração, definido como a média de idade dos pais ao nascimento da progênie, tende a aumentar, provocando a diminuição do ganho genético. A mensuração das fêmeas em uma idade mais precoce seria uma forma de contornar este problema. Neste sentido, um melhor entendimento das regiões genômicas envolvidas na expressão desta característica em diferentes idades/partos é necessário. O objetivo com o presente estudo foi, então, identificar regiões genômicas associadas à HPR medida em diferentes partos de fêmeas da raça Nelore. Considerando apenas fêmeas com idade ao primeiro parto de até 40 meses, os fenótipos para HPR foram gerados observando se cada fêmea teve oportunidade de permanecer no rebanho do segundo ao oitavo parto, de maneira que cada vaca poderia ter até sete observações para HPR. Ao final, o banco de dados possuía 195.452, 161.261, 130.236, 103.043, 79.844, 62.663 e 47.045 fêmeas com fenótipos para o segundo, terceiro, quarto, quinto, sexto, sétimo e oitavo parto, respectivamente. Do total de animais no banco de dados, 3.849 (2.720 fêmeas e 1.129 touros) apresentavam informações genotípicas de 472.640 marcadores do tipo SNPs (Illumina BovineHD BeadChip). Ao todo, foram realizadas sete análises uni-características, considerando modelos thresholds com função de ligação probit. A metodologia do single-step GBLUP foi utilizada para estimar componentes de variância para HPR em cada parto bem como para a realização de estudos de associação genômica, nos quais considerou-se, na identificação das regiões de maior efeito, a variância explicada por janelas de 100 SNPs consecutivos. As estimativas de herdabilidade variaram de 0,15 (terceiro parto) a 0,18 (oitavo parto) e as correlações de Pearson entre os valores genéticos genômicos preditos variaram de 0,52 (entre o segundo e o oitavo parto) a 0,93 (entre o sétimo e o oitavo parto). Em média, as dez janelas com maior importância no estudo de associação explicaram 15,41% da variância genética aditiva, variando entre 13,08% e 17,67% de acordo com o parto avaliado. As janelas selecionadas estavam localizadas em 18 cromossomos (1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 18, 19, 20, 25 e 28). A região entre 42 Mb e 49 Mb do cromossomo 6 foi identificada para o segundo, terceiro, quarto, quinto e sétimo parto. Esta é uma região de QTL com efeito pleiotrópico, a qual já havia sido associada com outras características como: facilidade de parto, probabilidade de natimorto, consumo alimentar residual e produção de leite e gordura. Várias regiões foram identificadas em comum entre partos adjacentes, como no cromossomo 1, 2, 4, 11, 18 e 19. No geral, a análise funcional das regiões identificadas indicou que a expressão da HPR nos primeiros partos sofre maior influência de fatores reprodutivos, enquanto que, nos últimos partos, fatores adaptativos e relacionados ao metabolismo, principalmente de carboidratos e lipídeos, bem como fatores ligados à saúde do animal, passam a ter maior importância para esta característica. Os resultados apresentados podem favorecer a definição de estratégias eficientes de seleção para HPR na raça Nelore, uma vez que foram geradas informações importantes sobre o controle genético desta característica ao longo da vida produtiva dos animais.