Composição genética da raia viola Pseudobatos percellens (elasmobranchii: rhinobatidae) utilizando SNPs - Souza, Bruno de Campos (2021)
A biodiversidade marinha está exposta à uma ameaça crescente diante de inúmeras transformações ambientais. Compreender como os organismos respondem a tais mudanças é uma grande preocupação para os cientistas, principalmente envolvendo estudos de diversidade genética que podem ser melhor respondidos com o desenvolvimento recente de tecnologias em genômica. O sequenciamento de nova geração transformou o campo da genômica funcional, permitindo identificar polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNPs) em todo o genoma. Um modelo interessante de aplicação desta metodologia é representado pela espécie de raia marinha Pseudobatos percellens, popularmente conhecida como raia viola, uma vez que a falta de estudos envolvendo as populações desta espécie abordando principalmente questões de estruturação e diversidade genética. Este trabalho visou caracterizar geneticamente as populações de P. percellens que ocorrem na costa brasileira, em investigações que envolveram a identificação de possível ocorrência de estruturação genética na espécie utilizando marcadores moleculares do tipo SNPs, além de identificar conexões, diferenças e similaridades entre as populações a partir da aplicação de análises estatísticas utilizadas em genética de populações. Foi utilizadas 52 amostras de P. percellens obtidas em localidades da região litorânea dos estados do Amapá, Pará, Pernambuco, São Paulo e Paraná. A filtragem dos SNPs resultou em um conjunto final de 3.329 marcadores deste tipo. Em todas as localidades a heterozigosidade observada (Ho) apresentou um valor superior ao da heterozigosidade esperada (He) e os valores para o índice de fixação ou coeficiente de endogamia (FIS) foram negativos para todas as localidades amostradas, indicando não haver endogamia nesses grupos, confirmando um excesso de heterozigotos. Os resultados indicam uma estrutura populacional com Fst significativo e as estatísticas F (estimativas ΦST) geradas pela AMOVA revelaram a existência de heterogeneidade genética significativa. As análises Bayesiana e de DAPC revelaram pelo menos dois agrupamentos genéticos distintos de P. percellens. As taxas de migração calculadas com base nas estimativas de número de migrantes, detectou alta conectividade entre as regiões Norte (Amapá e Pará) e Nordeste (Pernambuco) pela existência de fluxo gênico entre os indivíduos dessas regiões. Da mesma forma, foi observada uma alta conectividade entre as regiões Sudeste (São Paulo) e Sul (Paraná). Entretanto, os valores de fluxo gênico entre esses dois grupos (Norte/Nordeste vs Sudeste/Sul) foram baixos. Considera-se, pois, que o comportamento de mobilidade de P. percellens poderia ter influencia nos padrões de diversidade genética encontrados com a aplicação dos marcadores SNPs analisados. A evidência de novos estoques genéticos é crítica para reforçar as políticas de conservação neste grupo de organismos que se apresenta com um grande número de espécies ameaçadas.