Associação e seleção genômica para perfil de ácidos graxos utilizando haplótipos como marcadores em bovinos Nelore - Feitosa, Fabieli Loise Braga [UNESP] (2018)
O objetivo deste estudo foram realizar associação genômica ampla (GWAS) e predição genômica utilizando haplótipos como marcadores genéticos para o perfil de ácidos graxos da gordura intramuscular do músculo Longissimus dorsi em bovinos Nelore. Foram utilizados dados de 963 machos da raça Nelore terminados em confinamento, provenientes de fazendas que integram três programas de melhoramento genético. O grupo de contemporâneo foi formado por animais nascidos na mesma fazenda e safra, e do mesmo grupo de manejo ao sobreano. Para a determinação do perfil de ácidos graxos foi utilizado para a extração dos lipídeos o método Folch e para a metilação o método Kramer. Para a genotipagem foi utilizado um painel com mais de 777.000 SNPs do BovineHD BeadChip (High-Density Bovine BeadChip) da Illumina. O controle de qualidade foi feito considerando MAF < 0,05 e Call rate < 90%. Após o CQ, 469.981 SNPs permaneceram nas análises. A imputação dos “missing” e o “phasing” do genótipo foram realizados utilizando o software FImpute. A definição dos blocos de haplótipos foi realizada baseada no desequilíbrio de ligação utilizando o software HaploView. No capítulo 2 as análises estatísticas incorporando as informações dos haplótipos foram realizadas utilizando o software ASREML implementando o método REML. O modelo incluiu efeitos fixos do grupo contemporâneo (62 níveis), haplótipo (regressão linear no número de cópias) e idade ao abate como covariável linear. Os valores de p foram ajustados pelo método de FDR. Os haplótipos associados significativamente foram selecionados ao nível de 10% de significância. Para a prospecção dos genes foi utilizado o banco de dados do NCBI na versão UMD3.1 do genoma bovino, Ensembl Genome Browser, DAVID. Foram associados significativamente (p <0,05), 4, 3, 5, 1, 6, 2 e 7 haplótipos com AGS, AGMI, AGPI, AGPI/AGS, n3, n6 e n6/n3, respectivamente. Estes haplótipos significativos abrigam genes envolvidos no metabolismo lipídico, fatores de alongamento e síntese de ácidos graxos de cadeia longa, receptores de hormônios reprodutivos, transporte e uso de ácidos graxos e colesterol, biossíntese e hidrólise de fosfolipídios e constituintes de membrana, constituintes de membranas celulares, metabolismo energético e síntese de proteína quinase. Assim, a identificação desses haplótipos associados pode contribuir para estudos adicionais para validar essas regiões e prospectar genes candidatos que seriam úteis para programas de melhoramento genético para melhorar a qualidade da carne de bovino Nelore. No capítulo 3, o modelo utilizado para estimar componentes de variância, parâmetros genéticos e predizer os valores genômicos incluiu efeitos fixos de grupo contemporâneo e idade ao abate como uma covariável linear, e o efeito genético aleatório aditivo. A acurácia utilizando haplótipos variou de 0,07 a 0,31 e a utilizando SNPs variou de 0,06 a 0,33. O coeficiente de regressão usando os haplótipos variou de 0,07 a 0,74 e utilizando SNPs variou de 0,08 a 1,45. Apesar da precisão de predição não ter sido alta para ambas as abordagens, podemos considerar a utilização da abordagem SNP na seleção genômica, pois é um método computacional mais eficiente.