Estrutura e organização de DNAs satélites no genoma do lambari Psalidodon paranae (Teleostei, Characiformes) - Santos, Rodrigo Zeni dos (2022)
Os genomas dos organismos eucariotos estão repletos de sequências de DNA repetitivos. Dentre eles, os DNAs satélites (satDNAs) constituídos em arranjos de sequências repetidas em tandem. Historicamente, técnicas distintas foram utilizadas para o isolamento e caracterização destes satDNAs, porém o advento de tecnologias de Sequenciamento de Nova Geração (NGS), possibilitou a utilização de reads curtos, que juntos a ferramentas bioinformáticas, foi decisivo para estudos que permitiram a caracterização de coleções de satDNAs (satelitomas) de uma espécie. O primeiro satelitoma caracterizado em peixes foi realizado na espécie Psalidodon paranae, com a utilização da pipeline RepeatExplorer1 e revelou uma quantidade significativa deste tipo de sequência no genoma deste organismo, incluindo várias famílias presentes no cromossomo B desta espécie. Com isso, o objetivo inicial do estudo foi utilizar de uma nova pipeline, o TAREAN, para uma reavaliação do satelitoma da espécie P. paranae e uma comparação entre diferentes pipelines usadas para a caracterização destas sequências, o que resultou em 56 novas famílias caracterizadas para esta espécie. Com o sequenciamento de seis novas bibliotecas de reads curtos de P. paranae, três indivíduos contendo cromossomo B e três indivíduos não contendo, foram apresentados dados de abundância de todo este satelitoma, com enfoque em satélites presentes no cromossomo B. Os resultados evidenciaram um satélite caracterizado por TAREAN mais abundantes que o ApaSat02, que até o atual trabalho era o segundo mais abundante da espécie, novos quatro DNAs satélites mais abundantes que o ApaSat03, além de novos satélites muito presentes nos cromossomos B da espécie, apresentando essa pipeline como um grande auxílio para a expansão dos satelitomas anteriormente caracterizados. Além disso, uma análise mais detalhada em reads longos possibilitou a estudo de como cada DNA satélite do catálogo é estruturado ao longo do genoma de Psalidodon paranae, apresentando seu tamanho médio e o valor máximo atingindo de cada arrays destes DNAs satélites, auxiliando na explicação destes possuírem ou não uma sinais a nível cromossômico e nos apontando futuros candidatos a aplicação da técnica de FISH.