Análise de metilação em diferentes regiões de genes supressores de tumor no carcinoma de células escamosas bucal - Miranda, Keila Cristina (2020)
O carcinoma de células escamosas bucal (CCEB) apresenta alterações epigenéticas, como a metilação de DNA, na região promotora de genes supressores de tumor (GST), mas pouco se sabe em relação a outras regiões gênicas. Este estudo teve como objetivo investigar o perfil de metilação de diferentes regiões de um grupo de GSTs, validar dados significativos por meio de análises in silico e experimental, e correlacionar estes achados aos dados clínico-patológicos dos pacientes. Na plataforma HumanMethylation450 Beadchip, foram utilizadas 53 amostras de CCEB e 53 de tecidos não-neoplásicos adjacentes ao tumor (TA). O nível de metilação destes tecidos foram comparados considerando Δβ ≤ -0,10 ou ≥ 0,10, p < 0,01 e FDR < 0,01. Os resultados obtidos foram validados no TCGA e por pirosequenciamento utilizando 15 amostras independentes de CCEB e 15 TA. Os genes BRCA1, FHIT, MGMT, RASSF1 e RUNX3 apresentaram sítios hipermetilados na região promotora, 5’UTR e/ou 1º éxon, enquanto CDH13, DAPK1, HOXA1, PDLIM4, RARB, TIMP3, TP73 e VHL mostraram hipermetilação no corpo gênico e/ou 3’UTR. Foram identificados sítios diferencialmente metilados entre o CCEB e TA para os genes BRCA1, FHIT e HOXA1. Na validação experimental, apenas o sítio CpG na região 3’UTR do gene HOXA1 mostrou diferença significativa (p < 0,01) entre o CCEB e TA, 55,5% e 36,9% respectivamente, estando sua metilação e maior expressão (FC = 10,58) positivamente correlacionada à carga tabágica (p = 0,04) e recidiva (p = 0,03). A análise in silico utilizada mostrou-se efetiva na identificação dos alvos e comparação entre os grupos. A metilação de diferentes regiões de genes supressores de tumor é um evento frequente no CCEB, entretanto pouca diferença é encontrada entre o perfil de metilação tumoral e as margens da lesão. A metilação do sítio CpG na região 3’UTR do HOXA1 em CCEB está correlacionada a expressão aberrante deste gene e maiores episódios de recorrência.