Variabilidade genética e estrutura haplotípica do gene kir2dl4 avaliada em uma amostra brasileira - Weiss, Emiliana (2019)
O gene KIR2DL4 codifica um importante receptor de células Natural Killer (NK). O único ligante de KIR2DL4 conhecido é a molécula HLA-G, expressa principalmente na placenta, modulando a ação das células NK durante a gestação. O gene KIR2DL4 parece ser bastante variável, quando considerado os bancos de dados que armazenam suas sequências conhecidas, porém não está claro o nível de diversidade deste gene em populações reais e heterogêneas. Polimorfismos presentes no gene KIR2DL4 poderiam influenciar a interação entre KIR2DL4 e HLA-G, modificando a ação das células NK. Neste estudo exploramos a variabilidade genética de KIR2DL4 em 157 indivíduos oriundos do Estado de São Paulo/Brasil. Devido à alta similaridade de sequências entre os genes KIR, erros de genotipagem são esperados quando se utiliza sequenciamento de segunda geração. Por este motivo, desenvolvemos uma abordagem para classificar cada leitura com base em sequências KIR conhecidas, endereçando-as ao gene mais provável. Também utilizamos o painel SNPforID 34-plex para avaliar a ancestralidade dessas amostras. Considerando o segmento completo desse gene, indo da região 5’URR até a 3’UTR, com aproximadamente 13kb, o gene KIR2DL4 se mostrou pouco polimórfico, com 152 pontos de variações identificados (MAF 1%). Esses pontos de variação estão organizados em 32 haplótipos estendidos que codificam 13 proteínas diferentes. Foram encontrados 11 haplótipos na região promotora, sendo que 8 possuem MAF maior que 1%. Na região codificadora 70 haplótipos foram encontrados, sendo que quatro deles correspondem a 50% das sequencias codificas (KIR2DL4*0080204, *008105, *001, *005). Na região 3’UTR, 14 haplótipos foram identificados, todos com MAF maior que 1%. A diversidade nucleotídica foi maior na região codificadora. Através do uso de AIM, percebeu-se que a variabilidade de KIR2DL4 é influenciada pela ancestralidade. Foi também observado um forte equilíbrio de ligação ao longo do gene, similar ao seu ligante HLA-G. Assim, o KIR2DL4 é bastante conservado tanto no nível de DNA quanto no de proteína.