Estudo das populações de vírus presentes em plantas de citros cultivadas em uma região afetada pela morte súbita dos citros - Matsumura, Emilyn Emy [UNESP] (2016)
A morte súbita dos citros (MSC) causou a morte ou erradicação de aproximadamente quatro milhões de plantas de laranja doce na principal região citrícola do Brasil. Embora sua etiologia ainda não esteja completamente resolvida, seus sintomas e distribuição (especial e temporal) indicam uma provável doença viral. Trabalhos anteriores associaram a MSC ao vírus da tristeza dos citros (CTV) e ao CSDaV (Citrus sudden death-associated virus), no entanto, os resultados obtidos destes trabalhos não são conclusivos. Afim de estudar as populações de vírus presentes em plantas de citros afetadas pela MSC, este trabalho realizou uma análise comparativa, através do sequenciamento de alta performance do transcriptoma e dos pequenos RNAs de plantas sintomáticas e assintomáticas para MSC. Os dados revelaram uma infecção viral mista, incluindo o CTV como vírus mais predominante, seguido do CSDaV, um pararetrovírus endógeno de citros (CitPRV) e dois possíveis novos vírus, putativamente denominados de Citrus jingmen-like virus (CJLV) e Citrus virga-like virus (CVLV). As análises de correlação com a MSC indicaram uma provável associação de plantas sintomáticas com o CitPRV, enquanto que os dois novos vírus mostraram estar mais associados com plantas assintomáticas. A associação mais evidente foi observada entre plantas sintomáticas e um genótipo específico de CSDaV, o que nos conduziu a um estudo mais específico de variabilidade genética de 31 isolados de CSDaV, obtidos de plantas MSC-sintomáticas e assintomáticas. As análises de cinco regiões genômicas parciais do CSDaV, que correspondem aos domínios da metiltransferase, região de múltiplos domínios (MDR), helicase, RNA-dependente de RNA polimerase e capa proteica, mostraram que a região MDR apresentou maior diversidade genética. A diversidade nucleotídica (π) foi baixa para os isolados de CSDaV, e as análises filogenéticas revelaram a predominância de dois grupos principais, sendo que um deles se mostrou mais associado às plantas sintomáticas, o que foi coerente com os resultados relatados anteriormente. Além disso, os isolados de plantas sintomáticas mostraram maior diversidade nucleotídica, maiores taxas da relação dN/dS, e maior número de aminoácidos alterados, principalmente nas regiões mais próximas da região 5' terminal. Este trabalho gerou informações novas e importantes sobre o patossistema MSC. Tais informações foram consideradas para construção de um clone de cDNA do CSDaV, que poderá ser utilizado em outros estudos de etiologia, e também devem ser consideradas em futuros estudos epidemiológicos.