Identificação de SNPs em sequências de microRNAs de suínos e os possíveis efeitos na predição de transcritos alvo - Ferreira, Gilberto Chiantelli (2019)
Os microRNAs (miRNAs) são pequenos RNAs não-codificadores (20-22 nucleotídeos) que exercem uma função de controle pós-transcricional em RNA mensageiro (RNAm), regulando a produção de proteínas. Variações genéticas, como os polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs), quando estão presentes em sequências de miRNA, podem alterar o controle pós-transcricional, baseado em similaridade aos seus respectivos alvos. Na produção de suínos, a identificação de fenótipos, como crescimento e características da carne, é vital. Nosso objetivo foi identificar SNPs em sequências genômicas que dão origem a miRNAs, bem como investigar, in silico, possíveis alterações na regulação de alvos que poderiam estar relacionados a fenótipos de produção em suínos. A montagem do assembly Sscrofa10.2 foi utilizada como genoma de referência para a localização dos SNPs e dos miRNAs descritos em suínos. Utilizando um script desenvolvido em Python, foi possível localizar 86 SNPs em sequencias miRNAs maduros. Para a predição dos genes alvos, foram utilizados sequência do 3´UTR de suínos com a adaptação do pacote Mirmap. Descobrimos que 55 das sequências de miRNA geraram mais de 28.570 genes alvos, indicando a criação de novos miRNAs Interagindo com RNAm alvos. Nossos resultados indicam que SNPs afetam a predição de alvos para miRNAs em suínos.