Uso de informação genômica para estimação de parâmetros genéticos para características de crescimento e carcaça em bovinos Nelore - Costa, Rebeka Magalhães da (2019)
A seleção tradicional para características quantitativas de importância econômica é realizada geralmente com base nos valores genéticos preditos a partir de registros fenotípicos de um indivíduo e de seus parentes. Com a disponibilidade da informação genômica, a predição do valor genético para características complexas tem sido amplamente aperfeiçoada. A utilização da predição genômica poderá levar a um ganho genético mais rápido do que o alcançado com métodos tradicionais de seleção, com base apenas em dados de pedigree e fenotípicos. O objetivo deste trabalho foi avaliar a influência da inclusão da informação genômica nas estimativas dos parâmetros genéticos e tendências genéticas para ganho de peso diário do nascimento aos 120 dias de idade (GP1), dos 120 aos 210 dias de idade (GP2), dos 210 aos 365 dias de idade (GP3), dos 365 aos 450 dias de idade (GP4), área de olho de lombo (AOL), espessura de gordura subcutânea (EGS) e espessura de gordura subcutânea na garupa (EGP8) em bovinos da raça Nelore. Além disso, avaliou-se a associação genética entre as características estudadas e, por meio das análises de agrupamento não-hierárquicas, verificou-se quais os grupos de animais mais indicados para atender aos objetivos de seleção, visando contribuir para o processo de seleção do programa de melhoramento da raça Nelore. As estimativas de parâmetros genéticos foram obtidas com base em registros de pedigree de 192.483 animais, nascidos entre 1934 e 2016, registros fenotípicos de 80.114 animais e genótipos de 8.652 animais, os quais foram cedidos pela Associação Nacional de Criadores e Pesquisadores (ANCP). Os componentes de (co)variância foram obtidos por meio de metodologia bayesiana via amostragem de Gibbs. Os valores genéticos (EBVs) foram estimados por meio do modelo animal, via equações de modelos mistos (o qual utiliza apenas a matriz A) e os valores genéticos genômicos (GEBVs) por meio da metodologia “single-step genomic BLUP” (ssGBLUP) (a qual utiliza a matriz H). As tendências genéticas foram estimadas por meio de regressão linear considerando-se a variação dos EBVs e dos GEBVs médios anuais em função do ano de nascimento. As análises multivariadas de agrupamento foram utilizadas para agrupar os animais com base nos EBVs e GEBVs para as características estudadas e explorar o padrão genético em cada agrupamento obtido. Essas análises foram divididas em dois cenários, sendo um cenário considerando somente as fêmeas e outro somente os machos. Utilizando somente a matriz A, construída com base apenas em registros de pedigree, as médias das estimativas de herdabilidade direta (ℎ2) foram 0,14±0,02, 0,18±0,01, 0,14±0,02, 0,12±0,02, 0,37±0,03, 0,17±0,02, 0,28±0,02, respectivamente para GP1, GP2, GP3, GP4, AOL, EGS e EGP8. Com a inclusão de informação genômica, utilizando a matriz H, as estimativas de ℎ2 para GP1, GP2, GP3, GP4, AOL, EGS e EGP8 foram 0,17±0,02, 0,19±0,01, 0,15±0,02, 0,11±0,01, 0,32±0,02, 0,18±0,02 e 0,25±0,02, respectivamente. As correlações genéticas médias obtidas pelos dois métodos foram muito semelhantes. As maiores médias de correlações genéticas obtidas (matriz A/matriz H) foram entre AOL e as características GP1 (0,34±0,10/0,40±0,08), GP2 (0,52±0,06/0,48±0,06) e GP3 (0,37±0,09/0,39±0,07) e entre EGS e EGP8 (0,69±0,05/0,66±0,04). Com a inclusão de informações genômicas, as acurácias dos valores genéticos apresentaram pequeno aumento e maiores mudanças nas acurácias foram observadas para os touros com poucos filhos. Para as tendências genéticas foram obtidos coeficientes angulares significativos (p<0,05) para a maioria das características estudadas, exceto aquela obtida com o uso do GEBV para EGP8. Evidenciou-se o progresso genético para as características estudadas, tanto para os GEBVs como para os EBVs. A quantidade de animais por grupo nos dois cenários indica grande diferença entre grupos com EBV e com GEBV. A inclusão de informação genômica resultou em pequeno aumento nas estimativas de acurácia dos valores genéticos para as características estudadas, em relação aqueles obtidos com base apenas no fenótipo e no pedigree. Touros mais jovens, com poucos filhos, apresentaram maiores acurácias dos GEBVs se comparadas as dos EBVs para GP1, GP4, AOL e EGS, portanto, a seleção desses touros pode favorecer a redução do intervalo de gerações. As características de crescimento, em geral, apresentaram associação genética favorável com as características de carcaça, portanto essa associação poderá ser considerada no programa de melhoramento genético de bovinos de corte da raça Nelore, de modo a auxiliar na seleção para tais características. As análises de agrupamento não-hierárquicas podem ajudar a visualizar as associações genéticas existentes entre as características estudadas, definir quais os animais mais indicados para atender aos objetivos de seleção e observar as diferenças nos valores genéticos dos animais, preditos com e sem o uso de informação genômica.