Estudo da Evolução da Protease 3c de Picornaviridae e Vírus Picorna-like Através da sua Sequência Proteica e Domínios Conservados - Golin, Raíssa Ochôa (2014)
As abelhas apresentam uma combinação de características individuais e ainda de cooperação animal não encontrada no restante do reino animal. São insetos sociais e participam da polinização de diversas plantas que fornecem alimento para o homem. No Brasil com a africanização das abelhas, essas tornaram-se altamente produtoras e enxameadoras, o que vem tornando o país uma potência na produção de mel e outros produtos originados da atividade apícola. Muitas doenças podem afetar as abelhas, dentre elas muitas causadas por vírus. Controlar as infecções virais é essencial para a manutenção ecológica das abelhas e da produção apícola. Ao mesmo tempo, existe a possibilidade de relacionar vírus que infectam humanos com os vírus que infectam as abelhas, visto que os tratamentos utilizados para os seres humanos poderiam ser utilizados em colméias e, ao mesmo tempo, utilizar as abelhas como modelo de estudo para o desenvolvimento de novos antivirais. Na busca por um ponto em comum analisamos filogeneticamente a protease 3C, que ocorre nos vírus da super-família Picorna-like, onde encontram-se os vírus que parasitam as abelhas. Essa protease tem a capacidade de clivar a poliproteína viral nas proteínas maduras do vírus e ainda causar a degradação proteolítica das proteínas do hospedeiro. Até hoje não foi encontrada uma forma de utilizar a protease 3C em estudos filogenéticos pois existe muita divergência das suas sequências entre os vírus. O objetivo dessa pesquisa foi identificar uma forma de analisar filogeneticamente a protease 3C. As sequências da protease 3C e da RdRp de 55 vírus foram coletadas do NCBI ( National Center of Biotechnology Information) e submetidas ao MEME ( Multiple Em for Motif Elicitation), onde foram obtidos quatro sítios conservados. Após foi realizada a análise filogenética dos sítios conservados por Máxima Verossimilhança e análise da distância entre os sítios por parcimônia e ainda foi construída uma árvore com base na RdRp. As árvores dos sítios 1 e 2 apresentaram uma melhor robustez estatística e agrupamento dos vírus. Essas regiões conservadas da protease 3C-Pro podem ser o início para estabelecermos uma relação entre as proteases dos picornavírus e vírus picorna-like na busca da compreensão do seu mecanismo de infecção viral e também uma alternativa de estudo para outras sequências com alta variabilidade. O uso dos domínios 1 e 2 proporcionou a árvore com maior robustez apresentada até o dia de hoje para esta proteína viral.