Prospecção e transferibilidade de marcadores est-ssr usados para análises filogenéticas em poa annua l. - Valente, Daine Valente (2016)
Poa annua L. é a única espécie invasora de plantas com flores que obteve sucesso reprodutivo na Antártica, constituindo uma ameaça para as espécies nativas desse ecossistema. A hipótese da origem e colonização dessa gramínea nesse ambiente extremo é a de que as plantas pioneiras teriam vindo da Polônia, porém não é descartada a possibilidade de mútiplos eventos de introdução e diferentes fontes de distribuição. A disponibilidade de dados de sequências expressas (EST) tem facilitado o desenvolvimento de marcadores microssatélites (SSR) que podem ser utilizados como ferramentas para estudos populacionais em diferentes níveis, fluxo gênico, níveis de parentesco e informações sobre padrões filogeográficos. O objetivo desse trabalho foi desenvolver marcadores microssatélites a partir de sequências de regiões expressas da família Poaceae, testar o potencial de transferência em P. annua e utilizar esses marcadores para análise filogeográfica de P. annua, a fim de esclarecer a origem e colonização dessa espécie na Antártica. A prospecção de marcadores microssatélites foi desenvolvida com ferramentas de bioinformática, através de análises in sílico SSR em banco de dados EST para família Poaceae, disponíveis no Genbank (NCBI). Foram utilizados os programas CAP3 e SSRLocator para prospecção dos marcadores microssatélites. Uma pesquisa de Termos Gene Ontology (GO) foi realizada no banco de dados de sequências ESTs para avaliar associações entre locus SSR e processos biológicos, componentes celulares e função molecular de genes conhecidos, utilizando os programas Blast2GO e Revigo. O teste de transferência dos primers e análise molecular de P. annua foram conduzidos através da Reação em Cadeia da Polimerase (PCR). Foram prospectadas uma lista de 568 pares de primers, destes foram sintetizados 28 marcadores microssatélites para a transferência em P. annua. 68% dos marcadores EST-SSR tiveram potencial de transferência para esta espécie. A análise sugere que as amostras da Antártica são diferentes das amostras do Chile, Brasil, Irlanda e Argentina. Além disso, foram encontrados 613 transcritos divididos em 302 famílias gênicas. Com esta análise, foi possível desenvolver ferramentas moleculares para a análise genética com P. annua e outras espécies de gramíneas, mapear os motivos mais frequentes e funções dos genes em cada locus SSR, e sugerir que os diásporos de P. annua encontrados na Antártica podem ter vindos de fontes distintas das populações da America do Sul.