Análise da diversidade genética e evolução molecular de Infectious bursal disease virus (IBDV) - Silva, Fernanda Miquelitto Figueira da (2011)
O Infectious bursal disease virus (IBDV) é considerado um dos patógenos mais importantes da indústria avícola. Considerando as diferenças nos níveis de virulência entre os isolados de IBDV, este trabalho propõe uma definição de genotipagem não arbitrária e uma nomenclatura unificada para os isolados virais de IBDV. Nesta abordagem, 96 sequências completas da VP2 e 561 sequências correspondentes a região hipervariável da VP2 (hvVP2) disponíveis no GenBank foram analisadas e agrupadas por quatro diferentes métodos (UPGMA, Neighbor-joining, Máxima Verossimilhança e Inferência Bayesiana). O valor limite de 0,032 foi selecionado para agrupar os isolados de IBDV em três genótipos: IBDV-1, IBDV-2 e IBDV-3. Além disso, um quarto genótipo contendo sequências de hvVP2 não agrupadas foi definido como IBDV-4. Logo, foi possível estabelecer uma definição de genótipos para o IBDV e fornecer critérios claros para a classificação do IBDV abaixo do nível de gênero. As sequências da hvVP2 são marcadores filogenéticos confiáveis para a genotipagem do IBDV, uma vez que foram capazes de reconstruir a mesma árvore das sequências completas da VP2. Neste trabalho, a epidemiologia dos isolados brasileiros do IBDV foi também analisada em um contexto evolutivo. Inicialmente, as forças seletivas que atuaram durante a diversificação do isolados virais do IBDV foram testadas. Em seguida, hipóteses filogenéticas foram calculadas por Inferência Bayesiana e abordagens filogeográficas foram utilizadas para a predição da dispersão do IBDV. Seis sequências completas da VP1 (RNA polimerase dependente de RNA) e 26 sequências completas da VP2 (proteína capsidial externa) foram produzidas nesse estudo. Os resultados demonstraram que a seleção negativa é a principal força evolutiva que afeta a diversidade de nucleotídeos e as taxas de evolução do IBDV. A partir da análise filogeográfica da VP2 foi possível sugerir que os isolados de IBDV foram introduzidos no Brasil, por pelo menos, três eventos de introdução viral.