Análise genômica estrutural e funcional em bovinos Holandês x Gir infestados pelo Rhipicephalus (Boophilus) microplus - Pinto, Ana Paula Gomes (2012)
Rhipicephalus (Boophilus) microplus, popularmente conhecido como o carrapato bovino, é um ectoparasita hematófago e monoxeno, que gera grandes prejuízos à bovinocultura de regiões tropicais e subtropicais. Sabe-se da existência de diferenças quanto à resistência ao carrapato entre Bos taurus e Bos indicus e que estas são geneticamente herdáveis, mas os mecanismos envolvidos permanecem pouco compreendidos, apesar de décadas de intensa pesquisa. A realização do presente estudo teve por objetivos: 1) identificar genes diferencialmente expressos na pele de bovinos Holandês x Gir e relacionados com o status resistência/ susceptibilidade ao Rhipicephalus (Boophilus) microplus; 2) mapear transcritos, derivados de duas bibliotecas de pele de bovinos Holandês x Gir infestados por carrapato, e associar tal informação aos dados de uma varredura genômica para a detecção de QTL para resistência ao referido parasita; 3) identificar, in silico, marcadores microssatélites e SNP a partir das EST derivadas das citadas bibliotecas. Como não foram detectados genes diferencialmente expressos a partir da técnica Northern digital, baseou-se na anotação funcional dos transcritos e na sua classificação ontológica para a identificação de genes com potencial influência sob o status resistência/susceptibilidade ao carrapato, obtendo-se um conjunto de 11 genes. Observou-se uma maior expressão de MGST3, SOD1 e CYB5R1 nos animais susceptíveis nas primeiras 24 horas após a infestação e de CYB5R1, nas primeiras 48 horas. Nos animais resistentes, observou-se maior expressão de PCOLCE e CFH nas primeiras 24 horas após a infestação. Tal regulação gênica indica que a infestação por carrapatos induz um complexo conjunto de respostas imunológicas no hospedeiro. A análise dos transcritos que foram mapeados dentro dos intervalos de confiança de QTL associados à resistência a carrapatos permitiu a identificação de nove genes (IL-1α, DEFB, DEFB1, DEFB4A, DEFB5, DEFB7, C2C4A, BLA-DQB e CD63) com potencial influência sobre o nível de resistência a tal parasita. Estudos mais aprofundados serão necessários para a validação destes genes como candidatos. A partir da pipeline d2cluster/CAP3/MISA, a análise de 1.292 sequências únicas possibilitou a detecção de 168 microssatélites. Desconsiderando-se os monômeros, classe detectada em maior abundância, obteve-se sucesso no desenho de primers para 19 EST-SSR, sendo que somente cinco destas referem-se a regiões transcritas a proteínas. A mineração para identificação de SNP nas bibliotecas de cDNA foi realizada a partir da pipeline RepeatMasker/d2cluster/CAP3/AutoSnp e a confirmação dos polimorfismos foi realizada a partir da inspeção visual do arquivo de qualidade das sequências. Para aumentar a redundância do conjunto de EST, realizou-se o procedimento de enriquecimento a partir de sequências depositadas em bancos de dados. Foi possível detectar 10 SNP a partir de apenas um contig, sendo este formado por 27 sequências, possuindo 652 pb. Os resultados obtidos no presente trabalho e apresentados nos diferentes capítulos são relevantes e contribuem para um maior entendimento acerca da genômica envolvida na resistência ao carrapato bovino.