Microbioma no trato gastrointestinal de bovino da raça Nelore - Oliveira, Marcelo Nagem Valério de (2013)
O avanço no desenvolvimento de tecnologias moleculares tem sustentado o surgimento de novas linhas de pesquisas, dentre as quais o estudo de microbiomas associados ao trato gastrointestinal (TGI) de animais. Este trabalho representa o primeiro estudo da microbiota associada ao TGI de um bovino da raça Nelore (Bos indicus), a qual representa até 70 % do rebanho no Brasil. No presente trabalho foi desenvolvida e testada uma estratégia de amostragem do TGI que possibilitou a identificação da existência de variações nas comunidades microbianas das regiões anatômicas ao longo do mesmo, as quais podem ser detectadas até entre segmentos adjacentes, como nas amostras do intestino delgado e intestino grosso. Tais diferenças residem na estrutura e densidade das comunidades microbianas presentes no lúmen e naquelas associadas à mucosa do epitélio do trato gastrointestinal. Utilizando-se de metodologias moleculares como PCR-DGGE, sequenciamento e RT-PCR para a caracterização das populações de Archaea, Bacteria e Fungi, em amostras do lúmen e da mucosa das nove regiões anatômicas dos quatro segmentos, demonstrou-se que a segregação das populações entre as amostras ocorre para todos os grupos microbianos. Os dados do sequenciamento em grande escala do rRNA 16S bacteriano propiciaram a caracterização das comunidades bacterianas do lúmen e a demonstração da dominância de sequências relacionadas aos filos Firmicutes e Bacteroidetes em todas as amostras, constatando-se grande variação em nível de família dentro desses filos. Ao mesmo tempo, com o pirossequenciamento comprovou-se que as predições sobre microbiotas de outras regiões anatômicas dos segmentos do TGI não devem ser realizadas somente com base em dados oriundos das amostras de rúmen ou de fezes, elas induzem a erros . Esses resultados são da maior relevância quando se considera que a diversidade microbiana, sua funcionalidade e as interações estão diretamente associadas à saúde do animal e não têm sido investigadas nos estudos de microbiologia do TGI em bovinos. Os resultados obtidos neste trabalho representam a primeira caracterização do microbioma associado ao TGI de bovino. Com base nos trabalhos que se seguiram aos da caracterização de microbiomas em humanos, antecipa-se a relevância dos dados para os estudos da nutrição e dos distintos sistemas de manejo, considerando as interações genoma-microbioma do TGI em distintos sistemas de manejo do rebanho de Nelore com o objetivo de se obter maior produtividade do animal e a necessidade de reduzir a pressão por incorporação de novas áreas para a produção animal no Brasil.