Construção de mapa genético e mapeamento de QTL para caracteres agro-morfológicos em Ipomoea trifida, uma espécie diploide ancestral de batata-doce - Mata, Ana Paula Alves da (2023)
Ipomoea trifida G. Don (2n=2x=30) é considerada a ancestral silvestre mais próxima da batata- doce hexaploide [Ipomoea batatas (L.) Lam. (2n=6x=90] e seu genoma diploide é completamente sequenciado. Este estudo teve como objetivo mapear locos de herança quantitativa (QTL) em uma progênie de 210 irmãos completos de I. trifida, do cruzamento M9×M19 a partir de um mapa genético de alta densidade para a espécie baseado em polimorfismos de único nucleotídeo (SNPs) originados de genotipagem por sequenciamento (GBS). A avaliação fenotípica foi realizada para 188 progênies no Centro Internacional da Batata (CIP) em San Ramón, Peru, em 2016 e 2017, em casa-de-vegetação (delineamento em blocos completos casualizados, quatro repetições) e campo (em delineamento inteiramente casualizado, duas repetições), respectivamente. Os caracteres avaliados incluíram contorno, tipo e número de lóbulos da folha, forma do lóbulo central, número de folhas/planta medido em 12 dias, 30 dias e 58-62 dias, altura de planta medido em 11 dias e 30 dias, diâmetro dos entrenós da vinha, tamanho da folha madura, comprimento do pecíolo, número e peso fresco de raízes do tipo lápis, área foliar, pesos seco, fresco e número de raízes, pesos seco e fresco das vinhas, e superfície total de folhagem por unidade de área do solo. A análise de modelos mistos para cada experimento foi realizada no pacote R sommer v.4.1.2. Para 2016, as herdabilidades variaram de 0,37 a 0,80, e para 2017, as herdabilidades variaram de 0 a 0,43. Correlações em 2016 variaram de –0,37 a 1, e para 2017, de –0,26 a 0,97. Um mapa genético com 15 grupos de ligação e 6.410 SNPs, com comprimento total de 2440,47 cM, foi construído usando o pacote R Onemap v.3.0. Verificou-se a presença de erros de montagem nos cromossomos 2, 3 e 7. O mapeamento de QTL foi realizado usando a abordagem de mapeamento de intervalo composto para cada combinação ano-característica usando o pacote R fullsibQTL v.0.0.901. A procura de QTL foi realizada a cada 1 cM ajustando até dez cofatores por caráter. O tamanho da janela utilizado foi 20 cM, e 1.000 permutações foram realizadas para definir os limites de detecção do QTL a 5% de significância. Ao todo, 99 QTL foram encontrados com LOD score variando de 5,83 a 35,29. Espera-se que os resultados deste estudo possam auxiliar em futuros estudos de I. trifida e programas de melhoramento da batata-doce. Palavras-chave: SNP. Mapeamento por intervalo composto. QTL. Locos de herança quantitativa. Mapa de ligação.