Genética molecular de populações de Alternaria solani no Brasil - Lourenço Junior, Valdir (2008)
A determinação da estrutura genética da população de Alternaria solani é um componente importante para estudos de epidemiologia molecular da pinta preta da batateira (Ba) e tomateiro (To). Coletaram-se isolados de AS nas regiões Nordeste, Centro-Oeste, Sudeste e Sul do Brasil. Inicialmente, utilizaram-se os marcadores AFLP e RAPD para estimar a diversidade genética. Obtiveram-se 123 haplótipos com 62 locos, a partir da combinação de marcadores AFLP e RAPD (92% polimorfismo). A frequência de alelos nas duas populações de AS (em Ba e To) variou de 0,015 (RAPD45) a 1,000 (RAPD47, RAPD56, RAPD57, RAPD59, RAPD61, RAPD62). A estimativa teta (Ө) e o valor médio de Gst foram 0,29 (P= 0,001) e 0,18, respectivamente. No entanto, houve maior variação genética dentro (70,6%) do que entre (29,4%) populações. Na análise de agrupamento, detectaram-se haplótipos associados com Ba. A diversidade gênica (h) da população AS foi 0,36 ( ± 0,38). Os valores da diversidade genotípica quantificados pelos índices de Shannon-Wiener (H') e Stoddart & Taylor's G para as populações Ba e To foram, 1,01 e 1,00, 0,99 e 0,98, respectivamente. Não houve evidência de recombinação (IA = 7,25, P<0,001). Os mecanismos evolutivos foram parametrizados a partir de análises de genealogia de genes por processos coalescentes. Utilizaram-se seqüências parciais dos genes Alt a 1 (471 pb) e gliceraldeído-3-fosfato desidrogenase (Gpd) (584 pb), e a região dos espaçador interno transcrito do rDNA (ITS) (578 pb) para estimar a diversidade molecular e análises de coalescência. Seqüências de Alt a 1, Gpd (584 bp) e ITS foram obtidas para 111, 110 e 104 isolados, respectivamente. Maior número de sítios parcimônios informativos (14), diversidade de nucleotídeos (0,007) e número médio de diferenças de nucleotídeos (3,202) foi registrado para Alt a 1. Apesar de o maior número de haplótipos (7) ter sido registrado para ITS, a diversidade de haplótipos (0,15) foi a mais baixa. Detectou-se diferenciação genética entre populações AS na análise do loco Alt a 1. Eventos de recombinação não foram detectados. Não há evidência de subdivisão geográfica, e o fluxo gênico está ocorrendo entre populações de AS de Ba e To. Conduziram-se análises filogenéticas a partir das seqüências Alt a 1, Gpd, e ITS. Além disso, o marcador RAPD foi combinado com as seqüências Alt a 1 e Gpd em análises de parcimônia. Detectou-se associação de AS com Ba e To nas análises dos locos Alt a 1 e Gpd com valores significativos de bootstrap (>70) e de probabilidade Bayesiana a posteriori (>95). Apesar da incongruência entre o conjunto de dados concatenados (Alt a 1, Gpd e RAPD) (P=0,01), estimaram-se valores positivos de Suporte de Bremer para um nó que agrupou linhagens AS associadas com Ba e To. Concluiu-se haver evidências de linhagens clonais do fitopatógeno associadas a plantas hospedeiras, e que o fluxo gênico e a mutação são os principais mecanismos evolutivos que atuam nas populações de A. solani no Brasil.