Métodos single-step e desenvolvimento de painel customizado para avaliação genética de bovinos da raça Braford e Hereford - Souza, Nadson Oliveira de (2019)
A utilização da informação genômica trouxe grandes oportunidades de aumento no ganho genético em gado de corte. Com a inclusão das informações dos marcadores SNP no processo de predição genômica, tornaram possível o desenvolvimento de métodos inovadores. O método single-step permite avaliar simultaneamente informações de fenótipos, pedigree e genômica, com a utilização de uma matriz combinada. O objetivo desse estudo foi comparar diferentes métodos single-step genômico em animais da raça Braford e Hereford para característica resistência aos carrapatos. Foram utilizados os métodos single-step GBLUP, single-step GBLUP ponderado (WssGBLUP) e o single- step de regressão bayesiana (SSBR). Os softwares da família BLUPF90 e o JWAS foram utilizados para predizer os valores genéticos genômicos dos indivíduos para os métodos testados. O conjunto de dados foram divididos em três subconjuntos composto de animais Braford, Hereford e Braford_Hereford. Os resultados observados nesse estudo com o painel de 50K, sugerem uma diminuição nos valores da capacidade preditiva à medida que a raça Hereford é utilizada nas análises. Não houve diferença entre métodos single-step para o conjunto de dados Braford_Hereford. Para o conjunto de dados Braford, o método WssGBLUP foi superior e com o conjunto de dados Hereford, o WssGBLUP com duas e três iterações foram superiores. Com a informação molecular, estudos de associação genômica ampla (GWAS) permitem identificar loci ligados a determinada característica. O GWAS explora a existência de desequilíbrio de ligação entre SNPs e variantes causais, e assim permitindo selecionar SNPs mais informativos para customização de painéis de marcadores SNP de muito baixa densidade. O objetivo desse estudo foi identificar regiões genômicas e selecionar os SNPs mais representativos associados com a características resistência aos carrapatos. Adicionalmente, verificou a capacidade preditiva para os painéis customizados com base em animais da raça Braford e Hereford. Para isso, foram utilizados o método BayesB (π = 0,99) para a seleção dos marcadores altamente informativos para a característica e o single-step de regressao bayesiana para predizer os valores genéticos genômicos. A capacidade preditiva foi obtida pela correlação entre o fenótipo ajustado e o valor genético predito. Os softwares Gensel e o JWAS foram utilizados para a realização desse estudo. Os resultados observados nesse estudo sugerem a possibilidade de selecionar janelas superiores que explicam mais que 0,2% da variância genética para a característica. Os painéis customizados (tag SNP) para animais da raça Braford, Hereford e Braford_Hereford continham 35, 44 e 61 marcadores do tipo SNP que apresentaram maior efeito sobre a característica. O uso das tags SNP para animais representaria ao menos 67%, 72% e 28% da capacidade de predição obtidas pelo painel de 50K para animais Braford_Hereford, Braford e Hereford, respectivamente.