Estudo filogeográfico e análise comparativa dos modelos de classificação do Porcine circovirus-2 (PCV-2). - Vidigal, Pedro Marcus Pereira (2010)
Os agentes infecciosos de suínos têm recebido grande atenção desde a última década, quando muitos países produtores acumularam perdas econômicas significativas devido a patógenos como o Porcine circovirus-2 (PCV-2). O PCV-2 é um vírus classificado na família Circoviridae e está associado a um conjunto de diferentes síndromes em suínos denominado Porcine Circovirus Associated Diseases (PCVAD). Desde a sua identificação e caracterização, o PCV-2 alcançou uma distribuição mundial e a PCVAD tornou-se uma síndrome endêmica na maioria dos países produtores, sendo considerada a principal causa por perdas nas granjas. Neste trabalho, as nomenclaturas propostas para a classificação das linhagens virais foram comparadas e as vias de dispersão do PCV-2 entre os países suinocultores foram analisadas. Uma pesquisa por sequências genômicas do PCV-2 foi realizada no GenBank e 350 sequências de isolados virais foram aleatoriamente selecionadas. Os modelos de classificação do PCV-2 em genótipos, recomendado pelo Consórcio Europeu que estuda as Porcine circovirus diseases (PCVD) e definido por análises de mismatch distibution, e o modelo de classificação em subgrupos filogenéticos, modelo alternativo e definido por hipóteses filogenéticas, foram aplicados ao conjunto de sequências selecionado. Tanto nas análises de mismatch distribution quanto nas análises filogenéticas, os agrupamentos formados e as variações observadas foram muito semelhantes. Nessas análises, observou-se a sobreposição entre os agrupamentos em genótipos e em subgrupos filogenéticos. O genótipo PCV-2a foi correspondente ao Grupo 2 e reuniu os subgrupos 2A, 2B, 2C, 2D e 2E. O genótipo PCV-2b foi correspondente ao Grupo 1 e reuniu os subgrupos 1A, 1B e 1C. O genótipo PCV-2c reuniu apenas a sequência do isolado viral que o define. Esses resultados mostram que as subdivisões existentes nos genótipos PCV-2a e PCV-2b não devem ser desconsideradas para que a diversidade genética existente entre os isolados virais do PCV-2 não seja subestimada. No estudo filogeográfico, as vias de dispersão do PCV-2 foram preditas por meio de abordagens filogenéticas e filogeográficas. Nas análises filogenéticas, as árvores foram calculadas por inferência bayesiana e os isolados virais foram agrupados nos genótipos PCV-2a, PCV-2b e PCV-2c. Nas análises filogeográficas, uma rede de haplótipos foi calculada pelo algoritmo Median Joining, para o estabelecimento da genealogia entre os isolados virais, e as vias de dispersão entre os países foram preditas. Para dar suporte a essas análises, dois bancos de dados foram organizados. O primeiro banco de dados reuniu todas as informações disponíveis sobre os isolados do PCV-2 no GenBank e nas publicações relacionadas ao isolamento viral. O segundo banco de dados reuniu as estatísticas do comércio internacional de suínos vivos disponíveis no United Nations Commodity Trade Statistics Database DESA/UNSD e foi organizado para estabelecer um contexto econômico às vias preditas na rede de haplótipos. A partir dessas análises e desses bancos de dados, as seguintes vias de dispersão do PCV-2 entre os países produtores de suínos foram preditas: América do Norte → África, América do Norte → América do Sul, América do Norte → Caribe, Europa → América do Norte, Europa → América do Sul, Europa → Ásia, Oceania → Ásia e Oceania → América do Norte. Nessas vias de dispersão, os principais países de origem das vias são o Canadá, os Estados Unidos, a Dinamarca, a França e a Holanda, que são os principais exportadores de animais no mercado internacional de suínos vivos. As correlações observadas entre as vias de dispersão do PCV-2 preditas nas análises filogeográficas e as estatísticas do comércio internacional de suínos vivos mostram a importância do movimento de animais no rebanho mundial para a emergência de novos patógenos e a necessidade da criação de barreiras sanitárias cada vez mais eficazes no comércio de animais.