Seleção genômica ampla em populações derivadas de acasalamento ao acaso ou de autofecundação - Sánchez, Carlos Felipe Barrera (2013)
O homem depende das plantas para sua sobrevivência, a maneira mais econômica e sustentável de se aumentar a produtividade é através da obtenção de cultivares com maior potencial de produção. É neste ponto que o melhoramento de plantas atua, este é, em geral, uma atividade que pode levar muitos anos. Por isso, o melhorista deve tentar prever necessidades futuras e desenvolver metodologias para a redução desses longos períodos. A biologia molecular está disponibilizando ferramentas que podem eliminar essas dificuldades, e potencializar os processos seletivos, e obter grande rapidez na obtenção de ganhos genéticos com a seleção e baixo custo, em comparação com a tradicional seleção baseada em dados fenotípicos. A seleção genômica tornou-se uma ferramenta importante no melhoramento genético de animais e plantas o que pode permitir melhores acurácias e seleção precoce. O objetivo deste trabalho foi, em um primeiro momento, estudar o desequilíbrio de ligação (LD) em uma população F2 com mapa genético previamente conhecido e a causa do LD determinada pela ligação fatorial. Em uma segunda etapa, estudou-se outra população em que o LD era determinado pelo acasalamento direcionado. Foram simulados dados de indivíduos e de informações moleculares das populações F2, derivadas de genitores homozigotos contrastantes. As populações geradas foram de tamanho de 500 indivíduos e considerou-se cinco grupos de ligação com três cenários de saturação equivalentes a 11, 31 ou 51 marcas moleculares codominantes por grupo de ligação. As populações foram submetidas a cinco gerações de autofecundação e acasalamento ao acaso. Para populações conhecidas o genoma da espécie, o tipo de sistema de acasalamento afetaram de forma diferencial as taxas de desequilíbrio entre pares de locos, enquanto, para populações de origem desconhecidas, as causas do desequilíbrio não são diretamente relacionadas com a ligação fatorial e as taxas são preservadas de forma similar à F2 com as sucessivas gerações de acasalamento ao acaso ou autofecundação. Na segunda etapa do trabalho foram simuladas populações com estrutura populacional apresentando dados fenotípicos e genotípicos de cada indivíduo dentro da população, imitando alguns dos cenários em que a seleção genômica ampla (GWS) é aplicada. Se considerarem 1500 lócus e tamanho da população de 1000 indivíduos para todas as geração originadas por acasalamento ao acaso e autofecundação. Foram simuladas três características, em cada característica, o número de locos que controlava o caráter foi estabelecido em 500 e herdabilidades 20%, 40% e 60%, com base nos valores genotípicos e fenotípicos das populações em todas as gerações, foram estimados os parâmetros genéticos. Além da estimação de parâmetros, as populações foram caracterizadas quanto a distribuição de seus dados sendo feitos testes de normalidade e obtenção de coeficientes de simetria e curtose nas diversas gerações. Após estabelecidos todos os parâmetros genéticos se avalio a correlação dos valores fenotípicos observados com os valores fenotípicos preditos via informação de marcadores e a acuracia de seleção. A simulação utilizada foi eficaz em preservar a estrutura genética das populações e descrever a sua dinâmica ao longo de sucessivas gerações de acasalamento ao acaso ou autofecundação, os resultados amostram que o sistema de acasalamento afeta a eficiência do uso da utilização das estimativas dos efeitos dos marcadores em gerações avançadas.