Eficiência do tamanho de populações F2 na análise de QTL - Ferreira, Eliel Alves (2012)
Desde os trabalhos realizados por Mendel, a genética vem se desenvolvendo rapidamente, pois têm sido estabelecidas as relações entre cromossomos e genes, associação entre marcas moleculares às características fenotípicas, construção de mapas genéticos, detecção de genes controladores de características quantitativas (QTL) entre outros, com o advento da Genômica. Para os estudos, utilizando marcadores moleculares, principalmente quando se busca detectar QTL, o tamanho da população é de suma importância, pois quanto maior a população mais precisa será a detecção. Outro ponto importante é a prevenção de detecção de QTL fantasma, sendo este um falso positivo. Assim, objetivou-se, com este trabalho, estudar a detecção de QTLs, por meio de dados simulados, em diferentes tamanhos populacionais referentes ao tamanho populacional e à prevenção da detecção de QTLs inexistentes em populações F2. Para isto, foram simulados dois cenários. Com o intuito de verificar qual o tamanho de população é mais eficiente para detecção de QTL, foram simulados quatro tamanhos (200, 400, 600 e 1000 indivíduos) com as mesmas características, referentes ao primeiro cenário. Para o segundo, foi simulada uma população de 1000 indivíduos com um genótipo fictício constituído de quatro grupos de ligação com dois QTLs em três grupos, sendo que um não continha QTL, para controle das metodologias de detecção. Os grupos de ligação 1, 2 e 3 continham dois QTLs, contribuindo com 28% da característica, um contribuindo com 28% e outro com 5% e dois contribuindo com 5% da característica, respectivamente. Para a detecção dos QTLs foram utilizadas as metodologias da marca simples, intervalo simples e intervalo composto, quando necessário. Foram observados que quanto maior o tamanho da população mais precisa é a detecção e o posicionamento do QTL; portanto, a de 1000 indivíduos obteve os melhores resultados. Em relação ao segundo cenário, foi verificado que a metodologia de intervalo composto melhora a não detecção de QTL fantasma e que quanto menor for a contribuição dos QTLs maior será a probabilidade de encontrar QTL fantasma.