Influência do tamanho amostral e do tipo de amostragem na estimação dos efeitos de marcadores SNPs e predição de valores genéticos genômicos - Sousa, Mariele Freitas (2013)
Este trabalho teve como objetivo estudar o efeito do tamanho amostral e do tipo de amostragem na estimação dos efeitos dos SNPs e predição de valores genéticos genômicos para características de baixa, média e alta herdabilidade, utilizando a metodologia de estágio único. Foram utilizados genótipos simulados de 60.000 loci de SNPs, com as freqüências gênicas com distribuição semelhante às encontradas em animais de populações reais. Foram comparadas diferentes tipos de amostragem (amostragens aleatórias e amostragens em 3 gerações); tamanho de amostra genotipada (500, 1000 ou 2000 animais genotipados) e características com diferentes herdabilidades (0,10, 0,30 e 0,70). Os Valores Genéticos Preditos (VGP) foram obtidos pela metodologia de estágio único, utilizando-se o programa BLUPF90, com as opções padrão. Os efeitos estimados dos SNPs foram obtidos pela metodologia de estágio único, utilizando-se o PostGSf90, o qual é um módulo do BLUPF90, que converte os VGGs em efeitos dos SNPs.Foi utilizada a correlação de Pearson para representar a acurácia das estimativas dos efeitos dos SNPs e predições dos valores genéticos genômicos. Houve um aumento nas correlações com o aumento do tamanho da população genotipada e da herdabilidade. Quando são avaliados somente os SNPs de grande efeito, pode-se observar correlações altas entre os SNPs estimados e os SNPs simulados. Além disso, observou-se que há um aumento nas correlações com o aumento do tamanho amostral e da herdabilidade. Nas correlações entre os VGGs simulados e preditos houve diferença somente nos diferentes níveis de herdabilidade, observando-se maiores valores de correlação para a característica de alta herdabilidade. Mesmo em uma situação simulada, com um nível máximo de desequilíbrio de ligação entre marcadores e QTL, e utilizando a metodologia de estágio único, foi possível observar efeito do número de animais genotipados e do tipo de amostragem, principalmente nas estimativas dos efeitos dos SNPs e em características de baixa herdabilidade.