Citogenômica comparativa dos elementos RT-LTR Sire, Ogre, Tekay e Ikeros em três espécies de Eucalyptus L'Her - Lima, Wanessa Alves (2024)
O genoma estrutural de espécies de Eucalyptus tem sido elucidado por meio do mapeamento genético e do sequenciamento genômico. Os dados de sequenciamento são base para a citogenômica, os quais evidenciam a composição e a organização genômica das diferentes porções cromossômicas. Assim, nós identificamos e classificamos o repeatoma de Eucalyptus grandis, Eucalyptus urophylla e Eucalyptus globulus, e, a partir desses dados, realizamos a análise filogenética e mapeamos físicamente os retroelementos com longas sequências terminais (RT-LTR) Sire, Ogre, Tekay e Ikeros. A fração repetitiva identificada nos genomas de E. urophylla, E. grandis e E. globulus representou, respectivamente, 24,1726%, 26,0248% e 24,7527%. As sequências RT-LTR foram as mais prevalentes, correspondendo a 15,60% em E. urophylla, 16,16% em E. grandis e 17,01% em E. globulus. A superfamília Ty1_Copia foi a mais abundante e diversa em todas as espécies. Notavelmente, os retroelementos Sire e Ikeros (Ty1_Copia) e Tekay e Ogre (Ty3_Gypsy) predominaram em todas as três espécies. Portanto, essas sequências foram escolhidas para a filogenia e o mapeamento físico. Os produtos de amplificação de Sire, Ogre, Tekay e Ikeros apresentam similaridade >85% com sequências encontradas nos x = 11 cromossomos das três espécies, com exceção de Ogre no cromossomo 4 de E. grandis. A filogenia revelou que Sire e Ikeros divergiram após a especiação, enquanto Ogre e Tekay divergiram antes da especiação das três espécies. Corroborando com a filogenia, a presença dispersa de Sire e Tekay foi confirmada por meio do mapeamento físico para todos os cromossomos de E. grandis, E. urophylla e E. globulus, e alguns sinais intensos foram mapeados em diferentes loci cromossômicos. Por outro lado, Ogre e Ikeros foram mapeados majoritariamente em regiões pericentroméricas de poucos cromossomos nas três espécies. Este estudo pioneiro classificou os elementos RT-LTR de E. urophylla e E. globulus e mapeou os elementos móveis mais abundantes nos cromossomos metafásicos de espécies de Eucalyptus. Portanto, nós reportamos o papel de sequências do repeatoma na composição, organização e estrutura do genoma nuclear e cromossômico de Eucalyptus. Acreditamos que esses resultados representam uma base fundamental para avanços nas pesquisas sobre elementos móveis em Eucalyptus e em toda a família Myrtaceae. PALAVRAS-CHAVE: Elementos Móveis; Genômica Estrutural; Mapeamento Físico; Repeatoma; Filogenia