Taxonomia e filogenia molecular de Botryosphaeriales fitopatogênicos no Brasil, com ênfase na avaliação de regiões gênicas de cópia única para estudos filogenéticos - Machado, Alexandre Reis (2015)
No Brasil, alguns estudos evolvendo Botryosphaeriales vêm sendo realizados. Mas, diante da enorme diversidade de plantas cultivadas e nativas que são potenciais hospedeiros desse grupo de fungos, torna-se evidente que esses estudos ainda são incipientes. A mandioca é uma cultura de grande importância econômica no Brasil e é afetada por uma doença conhecida como podridão negra das raízes da mandioca, que é um dos principais fatores limitantes a rentabilidade dessa cultura. Contudo, até recentemente nenhum estudo etiológico mais acurado envolvendo essa doença tinha sido realizado. No passado, a podridão negra das raízes da mandioca era associada à espécie Scytalidium lignicola. Entretanto, no primeiro capítulo desse trabalho, foram identificados com base em análises morfológicas, apoiada por análises filogenéticas multilocus, as espécies de Botryosphaeriaceae, Lasiodiplodia euphorbicola, Lasiodiplodia pseudotheobromae e Neoscytalidium hyalinum associados a essa doença. Após a reprodução dos sintomas nos testes de patogenicidade, concluiu-se que a podridão negra das raízes da mandioca no Brasil é causada por várias espécies de Botryosphaeriaceae. A podridão de carvão é uma conhecida doença causada por Macrophomina em vários hospedeiros, e essa tem causado sérios problemas para a cultura da mamoneira no Brasil. Assim diante da inexistência de estudos etiológicos mais acurados para essa doença, o segundo capítulo desse trabalho buscou identificar com auxílio de ferramentas moleculares, espécies de Macrophomina associadas a diferentes culturas oleaginosas no Brasil. Foram identificadas três espécies, Macrophomina phaseolina, M. pseudophaseolina e uma nova espécie filogenética a ser proposta nesse trabalho, associadas a diversas culturas. Assim, concluiu-se que a podridão de carvão no Brasil é causada por várias espécies de Macrophomina. Outro grupo de culturas de grande importância no Brasil pertence à família Annonaceae, sendo que as principais espécies cultivadas são Annona muricata, Annona squamosa e um híbrido conhecido como atemoya. Essas culturas são afetadas por uma doença que causa seca descendente e em casos mais severos, provoca a morte de plantas. Até o momento, apenas a espécie Lasiodiplodia theobromae tem sido associada a essa doença. Porém, diante da ausência de estudos etiológicos mais acurados para essa doença, o terceiro capítulo desse trabalho buscou identificar com auxílio de ferramentas moleculares, espécies de Botryosphaeriaceae associadas a seca descendente em plantas da família Annonaceae no Brasil. Baseando-se em análises filogenéticas de ITS e TEF1-α combinados, dez espécies de Botryosphaeriaceae foram identificados, sendo uma destas proposta como uma nova espécie de Lasiodiplodia. Das dez espécies encontradas, oito foram patogênicas e reproduziram os sintomas de seca descendente. Assim, a seca descendente em Annonaceae no Brasil é causada por várias espécies de Lasiodiplodia. Nos últimos anos, vários trabalhos têm mostrado que a maioria das regiões gênicas comumente utilizadas em filogenia de fungos, não são apropriadas. Assim o quarto capítulo deste trabalho buscou avaliar o desempenho de regiões gênicas de cópia única para estudos filogenéticos de Botryosphaeriales, seu potencial em estudos taxonômicos e como possível marcador para reconhecimento de espécies. A região gênica TEF1-α, muito utilizada em estudos filogenéticos de Botryosphaeriales, juntamente com as regiões gênicas de cópia única RPB2 e MS204, tanto isoladas como concatenadas, obtiveram os melhores resultados, uma vez que discriminaram a maioria de espécies avaliadas. Porém, uma condição para que nós possamos determinar as regiões gênicas de cópia única como apropriadas para futuros estudos, será o desenvolvimento de banco de dados de referência com sequências de RPB2 e MS204 para todas as espécies possíveis de Botryosphaeriales.