Mapeamento genético em famílias de meio-irmãos por simulação computacional - God, Pedro Ivo Vieira Good (2008)
O presente trabalho teve como objetivo central estudar a construção de mapas genéticos em Famílias de Meios-Irmãos (FMI) por meio de simulação computacional para elucidar suas limitações e vantagens na análise genômica. Para esse fim, os seguintes cenários de simulação foram empregados: (1) Estudo dos efeitos do tamanho populacional em progênies de Meios-Irmãos para N = 50, 100, 200, 300, 500 e 1000; (2) Estudo dos efeitos dos graus de saturação (5 cM, 10 cM e 15 cM) do genoma com marcas moleculares; (3) Estudo dos efeitos dos níveis de informação alélica ou o conteúdo de informação polimórfica (PIC), com s = 2, 3, 4, 5 e 6 alelos equi-freqüentes presentes na população de mapeamento. Os diferentes cenários foram combinados entre si e simulados em 100 repetições, gerando um total de 3000 populações para análise. Foram utilizados os seguintes critérios para a determinação de acurácia do mapeamento genético: (i) número de grupos de ligação recuperados; (ii) tamanhos dos grupos de ligação; (iii) distâncias médias entre marcadores adjacentes nos grupos de ligação; (iv) variâncias das distâncias entre marcas adjacentes nos grupos de ligação;(v) estresse; e, (vi) correlação de Spearman. Verificou-se que, aliado ao tamanho populacional e o grau de saturação, a informatividade teve papel fundamental no mapeamento em FMI. Populações com N = 50 e 100 não são recomendadas para o mapeamento em FMI, para quaisquer níveis de polimorfismo. Quando o nível de polimorfismo na população é mínimo (s = 2), tamanhos populacionais de N < 300 não são suficientes para a obtenção de mapas fidedignos, principalmente para mapas com baixo grau de saturação, quando ocorre um aumento relativo de inversões de marcas no mapa de ligação. Mapas menos saturados apresentaram menor recuperação de genomas, menores estimativas de correlação de Spearman e maiores variâncias das distâncias entre marcas adjacentes, principalmente para baixo nível de polimorfismo. Como conclusão geral, pode-se dizer que não é recomendável o uso de populações com N = 50 e 100 mesmo com alto nível de polimorfismo. Para N = 200 é possível obter mapas com certa fidelidade desde que o número de alelos segregando na população base seja igual ou maior do que 4, à semelhança do que ocorre em Famílias de Irmãos Completos para acasalamentos entre genitores completamente informativos.