Filogenia molecular e genômica comparativa de bactérias Grampositivas do trato gastrointestinal - Silva, Daniele Ferreira da (2007)
A divulgação recente das informações do genoma completo de bactérias do ácido lático probióticas e do de Listeria monocytogenes, juntamente com as da presença de grandes blocos de genes de virulência, denominados de ilhas de patogenicidade (PAIs) em L. monocytogenes, trouxe à tona o questionamento sobre a possível existência de seqüências comuns aos dois grupos, probióticas e enteropatogênicas, e de genes similares que somente são ativados durante a passagem pelo trato gastrointestinal. O presente trabalho teve como objetivo avaliar por meio de genômica comparativa as semelhanças e diferenças no conteúdo de genes que codificam proteínas de virulência em Listeria monocytogenes EGD-e e os de probiose em Lactobacillus probióticos, além de identificar e caracterizar o gene de resistência ao estresse clp em Lactobacillus delbrueckii UFV H2b20. As seqüências dos genes selecionados foram capturadas no banco de dados do National Center for Biotechnology Information (NCBI) e para cada gene foi feita uma busca de homologia, com o uso do programa BLASTp, e de ortologia com a utilização do programa Clusters of Orthologous Groups (COG). Os genes homólogos e ortólogos foram selecionados de genomas de Listeria innocua CLIP1162, Lactobacillus acidophilus NCFM, Lactobacillus plantarum WCFS1, Lactobacillus johnsonii NC 533, Lactobacillus gasseri ATCC33233, Lactobacillus salivarius subsp. salivarius UCC118, Lactobacillus reuteri F275, Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus ATCC BAA-365 e Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus ATCC 11842. A análise das árvores filogenéticas reconstruídas com base nos genes de maior interesse reforça a hipótese de que uma comparação paralela pode ser traçada entre a resposta patogênica e a probiótica. As LABs apresentam genes que são de fundamental importância para a probiose e que estão ausentes no patógeno L. monocytogenes, a exemplo da maioria dos genes envolvidos no mecanismo de adesão. Foi confirmada a existência do gene clp, em L. delbrueckii UFV H2b20, com homólogos referente ao complexo proteolítico Clp apresentando alta porcentagem de identidade e similaridade. Dentre os melhores homólogos está o gene clpC presente em vários lactobacilos. Vários fagos positivos foram identificados no banco genômico de L. delbrueckii UFV H2b20. Possivelmente, mais de uma subunidade desse complexo proteolítico foi identificada, uma vez que a sonda se hibridizava com várias dessas subunidades. A confirmação da presença e análise de função de outros genes identificados nos genomas das bactérias probióticas, em L. delbrueckii UFV H2b20, por estudos de genômica funcional, demandará análise comparativa de funções desses genes em outras estirpes probióticas, para justificar a importância de L. delbrueckii UFV H2b20 na saúde e bioprocessamento de alimentos.