Caracterização de sondas hipervariáveis e de uma sequência genômica de soja homóloga a genes de resistência a doenças - Martins, Marta Fonseca (1999)
Durante a construção de um mapa de RFLP de soja, na DuPont (EUA), as sondas analisadas foram, em sua maioria, monomórflcas, porém algumas se mostraram altamente polimórticas (A1-10, A2-08, A45-10, ASS-09 e A75-10). A fim de melhor caracterizar esse padrão hipervariável, essas sondas foram seqúenciadas. Duas delas (Al-10 e A2-08) não apresentaram similaridade relevante com nenhuma sequência do “GenBank”; entretanto, uma característica marcante dessas sondas foi a sua riqueza em sequências A:T. As outras três sondas continham sequências homólogas a genes que codificam proteínas de resistência a doenças. Devido ao padrão de hibridização extremamente polimorflco revelado pela sonda A45-10, foram desenhados “primers” flanqueando essa sonda para amplincar regiões homólogas em diversos genótipos de soja, para que esse perfil de amplificação pudesse ser utilizado como “tingerprint”. Os produtos de amplificação obtidos, na faixa de 1,5 a 2,0 kb, foram capazes de identificar os diferentes genótipos analisados. A partir de uma biblioteca genômica da variedade de soja FT-Cristalina, foram isolados quatro clones, usando-se a sonda ASB-09. Um deles, o clone CR44, continha um inserto de aproximadamente 16 kb. Dois fragmentos de EcoRl e Pstl do clone CR44, que hibridizaram com a sonda A53-09, foram subclonados e seqúenciados. Esses dois fragmentos formaram um contíguo, denominado GR, de 4.198 pb. A comparação da sequência de aminoácidos predita com outras existentes no “GenBank” indicou uma homologia entre GR e a proteína “Cf-2.1-Iike” de Arabidopsis tha/iana, proteína de resistência a doenças homóloga à Cf-2/Cf-5 de Hordeum vulgare e outras proteínas de resistência de Lycopersicon. Além disso, foi identificada uma ORF de 789 nucleotídios, que codiôca uma proteína de 262 aminoácidos com domínios LRRs, uma das características estruturais da maioria das proteínas de resistência. Um RT-PCR foi feito para detectar transcritos homólogos a A53-09, A75-1O e A45-10, usando-se “primers” que flanqueavam a região de maior similaridade com genes de resistência. Em amostras de RNA extraídas de folhas, raízes e haste foi detectada a presença de transcritos, usando-se os “primers” derivados de ASB-09, o que indicou que A53-09 não é expresso de modo órgão-específico. Os produtos de amplificação presentes nos três órgãos foram seqúenciados e alinhados perfeitamente com a ORF de 789 nucleotídios. Para A75-10, foi detectada a presença de várias bandas, nos três órgãos examinados, indicando que, possivelmente, os “primers” estariam pareando com mais de um transcrito. Para A45-10, não foi detectada a presença de nenhum transcrito nos três órgãos analisados.