Estudo de associação genômica ampla (GWAS) em Coffea canephora - Silva, Letícia de Faria (2018)
Estudos de associação genômica ampla (GWAS) tem sido tradicionalmente utilizados para a identificação de locos de interesse responsáveis pela variação fenotípica. A utilização desse tipo de metodologia explora as ligações mais próximas existentes entre os marcadores moleculares e regiões cromossômicas de interesse para um maior entendimento das características fenotípicas da espécie em estudo, propiciando a identificação de marcas a serem utilizadas em seleções assistidas por marcadores moleculares (SAM) nos programas de melhoramento. Nesse contexto, a utilização dessa metodologia visando um maior entendimento de caracteres morfoagronomicos em um menor período de tempo se mostra uma solução viável para programas de melhoramento de espécies com longo ciclo de vida (plantas perenes) como o café. Assim, o objetivo do trabalho foi identificar regiões cromossômicas com associações significativas em populações de C. canephora em melhoramento para as principais características fenotípicas de importância para essa espécie, através da metodologia de Associação Genômica Ampla (GWAS). A população em estudo foi composta por 165 genótipos contendo os dois grupos varietais Conilon e Robusta além dos Híbridos provenientes desse cruzamento. Foram avaliadas oito características morfoagronomicas sendo elas altura da planta, vigor vegetativo, incidência a cercosporiose, incidência a ferrugem, diâmetro da copa, produtividade, época de maturação dos frutos e tamanho dos frutos. Os cafeeiros foram genotipados com marcadores SNP, distribuídos em todo o genoma. Foram realizadas análises de qualidade (MAF ≥0,01 e CR ≥ 90%) que resultaram em 17.885 SNP. Após a aplicação da metodologia de GWAS, foram identificados marcadores SNP com associações significativas para cinco características (altura da planta, diâmetro da copa, vigor vegetativo, incidência a ferrugem e a cercoporiose). As análises também permitiram a identificação de genes candidatos, nos quais, os marcadores SNP estavam inseridos. Foi possível também relacionar a função dos genes candidatos a característica nos quais esses se encontravam inseridos. Foi possível a identificação da presença dos genes 08-g11560, 10-g16500, 11-g17430, 00-g17460 e 02- g38180 nas duas principais doenças do cafeeiro. Os marcadores SNP com associações significativas se mostraram distribuídos em todo o genoma da espécie e estavam presentes em todos os cromossomos. Com destaque para os cromossomos 0,2,6,9 e 11. Por fim, a metodologia se mostrou eficiente em populações C.canephora, os genes candidatos encontrados inseridos nos marcadores SNP com associações significativas poderão ser avaliados com maior detalhamento e posteriormente poderão ser usados em seleções assistidas por marcadores moleculares (SAM) auxiliando programas de melhoramento da espécie.