Análise do papel de lncRNAs com valor prognóstico na progressão do melanoma - Ayub, Ana Luisa Pedroso [UNIFESP} (2022)
Estima-se que mais de 90% do genoma humano é transcrito em RNAs não codificantes (ncRNA). Os ncRNAs têm um papel importante em processos biológicos, como proliferação, diferenciação e migração celular e as alterações em sua expressão têm sido associadas a várias doenças, incluindo o câncer. O melanoma é um dos tipos mais agressivos de câncer, com alta probabilidade de metástase e resposta desfavorável às terapias. Nosso laboratório desenvolveu um modelo de progressão do melanoma in vitro, que foi estabelecido expondo melanócitos não tumorigênicos (melan-a) a condições de estresse sustentadas (ciclos de bloqueio de adesão), gerando sequencialmente diferentes linhagens celulares (ou seja, 4C, melanócitos pré-malignos; 4C11-, células de melanoma não metastático; e 4C11+, células de melanoma metastático), em que cada linhagem celular representa um estágio distinto de progressão tumoral. Analisamos os dados de sequenciamento de RNA comparando essas 4 linhagens celulares e identificamos um total de 3404 longos transcritos não codificantes que exibiram níveis de expressão diferencial (DE) ao comparar duas ou mais linhagens celulares. Agrupamos 531 deles em três assinaturas distintas: malignidade, transição epitelial-mesenquimal (EMT) ou metástase, de acordo com seus perfis de expressão. Também analisamos os genes vizinhos desses lncRNAs, pois sabe-se que os lncRNAs podem regular a expressão gênica em cis. Identificamos o lncRNA Dlx4os, altamente expresso em células 4C e 4C11- indiferenciadas e mesenquimais, e 6 genes vizinhos cuja expressão se correlaciona com a assinatura EMT e a sobrevida global em pacientes com melanoma humano. Entre esses genes, encontramos o Dlx4, que compartilha o mesmo local promotor com o Dlx4os e cuja expressão se correlaciona com um prognóstico desfavorável. Silenciamos o Dlx4os nas células 4C11- através da tecnologia de RNA de interferência. A regulação negativa do Dlx4os levou a mudanças de expressão em genes relacionados à EMT, como SNAI1, Sox10 e MitF, indicando que ele pode desempenhar um papel na EMT. A regulação descendente do Dlx4os também inibiu a migração celular in vitro e a tumorigênese in vivo. Estes resultados em geral indicam um papel do Dlx4os na transformação maligna dos melanócitos.