Caracterização molecular do vírus linfotrópico humano de células T, genoma completo e parcial através do sequenciamento de última geração pela plataforma Illumina - Farias, Rodrigo Pessoa de [UNIFESP] (2015)
Introdução: Nesse trabalho relatamos a variabilidade das sequencias do Vírus Linfotrópico de Célula Humana T tipo 1 (HTLV-1) genoma completo e parcial de 90 indivíduos, destes sendo 48 portadores assintomáticos, 35 pacientes com Paraparesia Espástica tropical/Mielopatia associada ao HTLV-1 (HAM/TSP) e 7 pacientes portadores de leucemia/linfoma de células T adulto, utilizando o sequenciamento de nova geração do aparelho da Illumina (MiSeq). Metodologia: Foram coletadas amostras de sangue dos 90 indivíduos. O DNA foi extraído a partir das células mononucleares do sangue periférico PBMC para medir a carga proviral e amplificar o HTLV-1 em dois fragmentos que se sobrepõem. Os produtos de PCR amplificados foram sequenciados no sequenciador de nova geração MiSeq (Illumina). Os dados gerados foram montados, alinhados e mapeados contra um genoma de HTLV-1 já descrito com semelhança genética para posteriores análises filogenéticas. Resultados: O sequenciamento de alto rendimento por síntese foi utilizado para obter uma média de cobertura de 3210-5200 para cada amostra, obtendo-se genomas parciais (n=14) e genomas completos (n=76) do HTLV-1. Os resultados, utilizando-se as sequencias geradas pelo sequenciamento e baseado em árvores filogenéticas, revelaram que 86 (95,5%) indivíduos são infectados com o grupo A transcontinental e subtipo A cosmopolita (aA) e 4 (4,5%) indivíduos com o subtipo B japonês (aB). Uma comparação entre os ácidos nucléicos e aminoácidos dos genomas completos nas três categorias não apresentou nenhuma relação entre o genótipo e as condições clínicas dos indivíduos. As relações evolutivas entre as sequências do HTLV-1 foram descritas a partir de sequências de nucleotídeos, e estes resultados são consistentes suportando a hipótese de que houve várias entradas do subtipo transcontinental no Brasil. Conclusões: Este estudo aumenta o número de sequências de genomas completos do HTLV-1 disponíveis em banco de dados do subtipo aA de 8 para 81 e aB de 2 para 5. Nossos dados confirmam que o subtipo transcontinental cosmopolita é o mais prevalente na população brasileira. Assim espera-se que as sequencias geradas irão acrescentar a nossa compreensão atual da história evolutiva deste vírus.