Identificação molecular de espécies crípticas e raras de leveduras isoladas de amostras clínicas provenientes de centros médicos da América Latina - Luiz, Bruno Ribeiro (2020)
Introdução: As infecções de corrente sanguínea (ICS) causadas por leveduras têm se tornado um importante problema de saúde pública em hospitais terciários de todo mundo, apresentando mortalidade na ordem de 50%, o que torna esta infecção um grande problema para os clínicos e hospitais terciários de diferentes países. Os casos de fungemias nosocomiais são em sua grande maioria causados por 3 gêneros de leveduras: Candida, Trichosporon e Cryptococcus. Dentre estes gêneros, as espécies de Candida são as mais frequentemente encontradas em infecções de corrente sanguínea. Estudos têm demonstrado que 90% ou mais dos casos de candidemia são atribuídos a apenas cinco espécies: C. albicans, C. tropicalis, C. parapsilosis sensu lato, C. glabrata e C. krusei. Entretanto, com os avanços dos métodos moleculares de identificação, espécies mais raras ou crípticas, como aquelas pertencentes a complexo de espécies têm sido cada vez mais frequentemente identificadas como causa de candidemia. Objetivos: Considerando a escassez de dados epidemiológicos sobre a prevalência das espécies crípticas e raras de leveduras em infecções fúngicas invasivas (IFI), e a dificuldade da identificação destas espécies por métodos fenotípicos convencionais, este estudo teve como objetivo geral identificar por método molecular, as espécies crípticas e raras de leveduras provenientes de diferentes centros médicos da América Latina e determinar a ocorrência destas espécies nestes centros médicos. Material e métodos: Foram selecionados isolados de leveduras responsáveis por IFIs provenientes de centros médicos da América Latina depositados no Banco de Micro-organismos do Laboratório Especial de Micologia (LEMI) EPM/UNIFESP ao longo do período de 2008 a 2018, previamente identificadas por métodos fenotípicos como leveduras de espécies raras ou crípticas. Estes isolados foram repicados em ágar Sabouraud Dextrose (SDA) e CHROMagar Candida para verificação de viabilidade e pureza. Para a identificação molecular foi realizado sequenciamento da região ITS do gene ribossomal (DNAr),utilizando-se a metodologia de Sanger. As sequências obtidas foram analisadas no programa Sequencher verção 4.1.4 para a obtenção das sequências consenso. Os contigs de alta qualidade foram comparados com aqueles depositadas nos bancos genômicos NCBI e ISHAM-ITS Database para a identificação da espécie. Resultados: Cem isolados clínicos de leveduras de espécies raras ou crípticas responsáveis por IFI, provenientes de 21 centros médicos da América Latina, coletadas durante o período de 2008 e 2018, que puderam ser reativados a partir do Banco de micro-organismos do LEMI e apresentaram culturas puras foram incluídos neste estudo. Realizou-se a comparação entre a acurácia da identificação fenotípica e genotípica. Na comparação entre a identificação fenotípica e molecular, houve concordância em 64% dos isolados, considerando correta a identificação das leveduras classificadas como pertencentes a complexos do gênero. As espécies que apresentaram alguma concordância foram Candida krusei (25 de 28), Candida lusitaniae (12 de 14), Candida pelicullosa (7 de 9), Rhodotorula mucilaginosa (5 de 5), Candida kefyr (3 de 5), Candida intermedia (1 de 3), Saccharomyces cerevisiae (1 de 2) e Candida nivariensis (1 de 1) do complexo Candida glabrata. Foi possível observar que a discrepância de 36% ocorreu principalmente com as espécies mais raras de leveduras como patógenos humanos, como: Candida fabianii, Candida pararugosa, Debaryomyces nepalensis, Pichia kluyveri e Pichia farinosa. Este fato pode ser justificado pela limitação do banco de dados dos testes fenotípicos utilizados na identificação destas leveduras. Conclusões: Os métodos fenotípicos foram capazes de identificar corretamente somente 64% das espécies crípticas e raras estudadas. O método de sequenciamento de ITS, considerado padrão ouro para a identificação de leveduras, permitiu a identificação de todos os isolados deste estudo com acurácia. Foi possível identificar a ocorrência de infecções fúngicas por espécies crípticas e raras em pacientes de centros médicos brasileiros e da América Latina, nunca antes descritas na literatura.