Estudo de catepsinas B-símile derivadas de trypanosoma congolense com a utilização de bibliotecas combinatórias sintéticas fluorescentes - Oliveira, Lilian Caroline Goncalves de [UNIFESP] (2015)
Enzimas proteolíticas (peptidases) vêm sendo identificadas em uma ampla variedade de protozoários patogênicos ao homem e aos animais, de forma que inibidores para estas enzimas representam potenciais fármacos a serem utilizados no tratamento dessas diversas patologias. Há uma variedade de métodos para detecção e caracterização de atividade proteolítica, entretanto com a identificação de novas peptidases, é necessário o desenvolvimento de métodos mais rápidos e eficientes, um deles inclui o uso de bibliotecas combinatórias sintéticas. Estas permitem um mapeamento inicial da preferência da peptidase por alguns resíduos, sendo possível a predição de candidatos a substrato para tais peptidases rapidamente. Nesta tese foi desenvolvido o estudo detalhado das propriedades hidrolíticas de uma catepsina B-símile de Trypanosoma congolense (TcoCBc1), tripanossoma patogênico de ruminantes domésticos, com a utilização de bibliotecas combinatórias sintéticas que foram desenvolvidas no departamento de biofísica da Universidade Federal de São Paulo. A primeira parte do desenvolvimento do projeto foi a validação da biblioteca de forma geral Abz-GXX~XXQ-EOOnp para endopeptidases, onde Abz (ácido orto-aminobenzóico) é o doador de fluorescência e Q-EOOnp (glutamina-[N-(2,4-dinitrofenil)-etilenodiamina]) é o grupo apagador de fluorescência, a posição Z é sucessivamente ocupada com 1 dos 19 aminoácidos (cisteína é omitida), e X representa outros resíduos (que não o Z) incorporados randomicamente. O uso da biblioteca foi validado com enzimas representantes da classe de serino, cisteíno, metalo, glutamil e aspártico peptidades, assim como com perfis de pH e efeito de inibidores específicos para cada tipo de peptidase. Posteriormente, o estudo da especificidade da peptidase TcoCBc1 foi realizado com o uso de bibliotecas para endo e carboxipeptidases e com peptídeos de posição fixa, analisando sua especificidade e o padrão de clivagem da enzima. Além disso, foi realizado estudo de modelagem molecular da peptidase e docking do melhor substrato para analise da sua especificidade distinta em S1 e S2. Os resultados destes trabalhos estão descritos nos artigos em anexo (Oliveira et ai, 2012 e Oliveira et ai, 2014).