Caracterização in silico de orfs variáveis e de regiões regulatórias no genoma do vírus da síndrome da mancha branca (WSSV) - Mendes, Cayro de Macêdo (2018)
O vírus causador da síndrome da mancha branca (WSSV) é um dos maiores problemas enfrentados pela carcinicultura mundial, causando consideráveis danos econômicos. O genoma do WSSV apresenta algumas regiões codificantes que variam entre os diferentes isolados. Essas regiões denominadas wsv129 (ORF75) , wsv178 (ORF94), wsv249 (ORF125), wsv461/464 (ORFs14/15) e wsv477/502 (ORFs23/24) possivelmente estão envolvidas em mecanismos de virulência, mas não foram totalmente caracterizadas funcionalmente até o momento. A caracterização in silico vem sendo empregada como uma alternativa mais acessível para predição e estudo da estrutura de proteínas que não tem a estrutura cristalográfica disponível. Esse trabalho teve como objetivo a caracterização in silico das proteínas putativas codificadas pelas regiões variáveis do genoma do WSSV, no intuito de identificar possíveis funções. As regiões codificantes das ORFs wsv129, wsv178, wsv249 e os clusters formados pelas ORFs wsv461/464 e wsv477/502 foram analisados filogeneticamente, e estruturalmente. As sequências de aminoácidos foram submetidas a buscas por homólogos remotos, motivos, domínios conservados, reconhecimento de fold e predição estruturas secundárias e terciárias. Foi possível modelar estruturas terciárias de domínios proteicos e inferir possíveis funções para as ORFs wsv463a (formina like - regulação de filamentos de actina), wsv477 (interação com RNA - processos pós - transcricionais), wsv479 e wsv497 (XPD like - helicase), wsv 492 (hemaglutinina like - sinalização, docking viral) e wsv249 (domínios ankyrim repeat e RING-H2 - modulação da proteólise dependente de Ubiquitina), além de propor funções estruturais para as ORFs wsv 129 e wsv 178 em decorrência suas características estruturais e carga. Também foi possível detectar assinaturas associadas a sinais de localização nuclear dentro das unidades de repetição das sequências codificadas pelas ORFs wsv129 e wsv178. Além das análises de estrutura proteica foi realizada a prospecção de algumas regiões regulatórias 100 e 200 nt upstream às regiões codificantes e foi possível detectar alguns motivos, incluindo um sítio de ligação de “Zinc-Finger”, sugerindo a interação entre possíveis fatores de transcrição. A partir dos resultados foi proposto um modelo de atuação para cada uma das proteínas estudadas.