Caracterização de marcadores moleculares do tipo SNPs e Microssatélites em Penaeus vannamei e proposição de painéis para estudos populacionais e de associação - Vieira, Iasmim Santos Mangabeira e Silva (2022)
A carcinicultura mundial, e sobretudo a brasileira, sofre profundos impactos em decorrência da falta de padronização nos processos produtivos e da ocorrência de doenças infecciosas. Nesse sentido, o estudo do genoma do camarão Penaeus vannamei e o desenvolvimento de novas ferramentas que permitam a seleção de animais com o vigor necessário para produção é crucial para o sucesso na atividade. Entre essas ferramentas, o uso de marcadores moleculares e sua associação a características de interesse tem se mostrado uma estratégia promissora, sobretudo considerando que vacinas e tratamentos não estão disponíveis para carcinicultura. Entretanto, as informações sobre os marcadores moleculares para Penaeus vannamei ainda estão bastante fragmentadas e muitos marcadores não estão devidamente caracterizados. Assim, esse trabalho teve como objetivo identificar e caracterizar em detalhes marcadores do tipo polimorfismo de nucleotídeo único (SNP) e microssatélites (STR) já descritos na literatura para o P. vannamei, e a partir dessa caracterização, propor painéis de marcadores com potencial aplicação em estudos populacionais e de associação. No capítulo 1, 512 SNPs associados a genes envolvidos na resistência a doenças foram identificados e classificados em detalhes. Foi observado que a maioria dos SNPs estavam presentes nas proteínas receptores Toll like 1 e 3, subunidades grandes e pequenas da hemocianina e fatores anti-lipopolissacarídeos 1 e 2, permitindo propor seu uso como alvos em estudos de associação e melhoramento genético de populações de P. vannamei. No capítulo 2, 306 STR polimórficos foram caracterizados em detalhe, no intuito de identificar a sua localização no genoma. Dentre esses,38,8% foram considerados perfeitos, com a maior prevalência de dinucleótidicos (45,3%). O número de repetições ininterruptas variou de 3 a 62, com a maioria consistindo em repetições curtas. As sequências putativas de 135 STRs foram obtidas e, após o alinhamento funcional, 62 delas foram associadas à genes codificantes (mRNA). As proteínas identificadas estão relacionadas principalmente à atividade de ligação (53,5%) e atividade catalítica (32,14%). Além disso, 7 STRs perfeitos localizados em regiões codificantes do DNA foram validados in vitro em uma população de camarões. O número médio de alelos por loco foi de aproximadamente cinco, indicando que podem haver diferentes isoformas de proteínas na população. Concluindo, esse trabalho resume todos os marcadores já descritos e caracterizados para P. vannamei e detalha painéis de SNPs e microssatélites em regiões codificantes. Esses marcadores têm potencial para utilização em estudos populacionais e, sobretudo, para estudos de associação direta fenótipo-genótipo, elevando o estudo da plasticidade genética e da correlação genótipo fenótipo em P. vannamei.