Assinatura transcricional do carcinoma renal de células claras baseada no RNA endógeno competidor - Farias Filho, Epitácio Dantas de (2023)
O carcinoma renal, por ser uma patologia de desenvolvimento silencioso e multifatorial, é caracterizada por apresentar uma alta taxa de pacientes com metástases. Após diversos estudos elucidarem a atividade dos genes codificantes no desenvolvimento metastático do carcinoma renal, novos estudos buscam avaliar a associação de genes não codificantes, como RNA endógeno competidor (ceRNA), ao processo metastático. Desta forma, o objetivo deste estudo é construir uma assinatura transcricional para o carcinoma renal de células claras (ccRCC), associada ao desenvolvimento metastático a partir de uma rede de ceRNA e analisar as prováveis funções biológicas desempenhada pelos participantes da assinatura. Utilizando os dados de ccRCC do The Cancer Genome Atlas (TCGA), construímos nove assinaturas transcricionais a partir de oito técnicas de seleção de características e analisamos a sensibilidade e especificidade da classificação dos modelos de regressão no processo de benchmarking. Consequentemente, foram obtidos os genes da assinatura e foram realizadas análises de alterações somáticas e de número de cópias, análise de risco para sobrevida e progressão metastática, e análises de anotação funcional. Neste estudo apresentamos uma assinatura transcricional de 11 genes, composta por 2 RNAs longos não codificantes, SNHG15 e AF117829.1, 2 miRNAs, hsa-miR-130a-3p e hsa-mir-381-3p, e 7 mRNAs, BTBD11, INSR, HECW2, RFLNB, PTTG1, HMMR, RASD1. A validação utilizando o conjunto de dados externos do International Cancer Genome Consortium (ICGC) possibilitou avaliar a generalização da assinatura, que apresentou uma acurácia de 72% e área abaixo da curva de 81.5%. As análises genômicas identificaram que os participantes da assinatura se localizam em cromossomos com regiões altamente mutadas (G-index > 2). Os genes hsa-miR-130a-3p, AF117829.1 e HECW2 tiveram uma relação significativa entre a expressão e a sobrevida dos pacientes, e os dois últimos possuem relação significativa com o desenvolvimento metastático. Além disso, foi analisada a anotação funcional em vias importantes para o desenvolvimento tumoral, como: PI3K/AKT, TNF, FoxO, regulação da transcrição da RNA polimerase 2, controle celular e entre outras. Por fim, ao analisar as conexões dos genes da assinatura dentro da rede ceRNA em conjunto com estudos da literatura, foi possível obter um panorama das atividades desempenhadas por eles dentro do ccRCC. Sendo assim, esta assinatura transcricional pode identificar genes não codificantes como potenciais biomarcadores a serem utilizados para uma melhor compreensão do carcinoma renal, bem como no desenvolvimento de futuros tratamentos na área clínica.