Abordagens da biologia de sistemas na investigação dos pontos de articulação nas rotas metabólicas do KEGG - Brandão, Igor Augusto (2020)
O estudo da essencialidade das proteínas por meio de métodos laboratoriais é caro e não escalável para grandes quantidades de proteínas, desta forma é relevante avaliar a essencialidade das várias proteínas de uma via metabólica como um todo através de ferramentas computacionais. Em geral, uma via metabólica pode ser analisada como grafos, os quais fornecem diferentes recursos para o estudo das características topológicas de redes, como os seus pontos de articulação e disposição dos nós. Atualmente, pesquisas em bioinformática estudam a essencialidade de proteínas com base nas métricas de betweenness e degree, contudo a teoria dos grafos sugere que os pontos de articulação podem ser nós importante em uma rede resta avaliar se esses pontos de articulação são de fato essenciais para as vias metabólicas e seu impacto topológico na rede. Utilizando análises baseadas em métricas de rede, o nosso objetivo é verificar se de fato esses pontos de articulação representam gargalos na rede, sendo estes caracterizados como proteínas de frequências elevadas e localizadas no centro das redes. Para tanto, identificamos os pontos de articulação em diferentes vias metabólicas do KEGG, avaliamos o impacto de cada um deles, calculamos sua frequência e comparamos suas ocorrências com as demais proteínas. Inicialmente, fizemos o levantamento das vias metabólicas do KEGG que estavam disponíveis através dos arquivos KGML associados às redes. Após a listagem das vias disponíveis, os dados estruturais de cada uma delas foram convertidos em objetos do tipo grafo. Os parâmetros ponto de articulação, betweenness e degree foram utilizados para classificar as proteínas constantes em cada via metabólica. Aproximadamente 20% das proteínas foram classificadas como pontos de articulação, das quais 3,75% foram identificadas pela alta frequência e localização em regiões centrais da rede. Além disso, a maior concentração dos pontos de articulação ocorreu na faixa de frequência dos 80 a 90%. Um padrão de não aleatoriedade na distribuição dos pontos de articulação foi identificado nos grupos com frequências acima de 74,5%. Finalmente, a biossíntese de esteroides foi a via metabólica com o maior número de pontos de articulação com frequências superiores a 80% em sua constituição. A oxidoredutase foi a classe dos pontos de articulação presente no maior número de vias metabólicas. As descobertas sugerem que os gargalos das redes avaliadas são pontos de articulação com as frequências mais altas e localizados no centro da rede. Resta realizar análises mais aprofundadas a respeito dos papéis biológicos destes pontos de articulação encontrados