Estudo dos genomas dos principais vírus que acometem a carcinicultura no Brasil - Dantas, Márcia Danielle de Araújo (2019)
A região Nordeste é uma das maiores produtoras de camarão no Brasil, com destaque para os estados do Rio Grande do Norte e Ceará. Um dos maiores problemas que a indústria da carcinicultura vem enfrentando nas últimas décadas é o aumento da incidência de doenças infecciosas, as quais causam grandes perdas econômicas para o setor. Dentre essas doenças destacam-se aquelas causadas pelo vírus da síndrome da mancha branca (WSSV), o Penaeus stylirostris densovirus (PstDNV) e o vírus da mionecrose infecciosa (IMNV). O estudo dos genomas desses vírus é de fundamental importância para entender mecanismos essenciais à sobrevivência dos mesmos e, assim, desenvolver ferramentas eficazes para detecção e controle. Nesse contexto, o objetivo geral deste trabalho foi caracterizar os genomas de variantes do IMNV, WSSV e PstDNV, contribuindo com novas informações sobre as características do genoma e taxonomia desses patógenos. O capítulo 1 descreve o estudo de sequências de membros da família Totiviridae. Os resultados mostram que o IMNV e outros vírus da família que infectam artrópodes apresentam características que os classificam em um novo grupo denominado preliminarmente como Artivirus. O alinhamento de aminoácidos da ORF1 indica que os artivírus são os únicos membros da família Totiviridae que apresentam os sítios de clivagem 2A-like e duas proteínas previamente preditas para o IMNV. Um possível sítio de clivagem upstream à proteína do capsídeo também foi identificado nesses genomas. Modelos proteicos revelaram estruturas conservadas para as duas proteínas, indicando que, provavelmente, elas estão envolvidas na formação das protrusões virais e empacotamento do RNA. O capítulo 2 aborda o sequenciamento e análise do genoma de um isolado brasileiro do WSSV (WSSV-BR). O genoma foi sequenciado utilizando a plataforma Ion Torrent e montado usando um pipeline alternativo no qual um genoma quimera do WSSV foi utilizado como sequência referência. O genoma do WSSV-BR apresentou um tamanho de 292.912 pb, 184 possíveis ORFs e nove regiões homólogas. Análises de identidade e de filogenia mostraram que o WSSV-BR é mais próximo aos isolados da Tailândia e México e que, provavelmente, esses três vírus compartilham uma origem evolutiva comum. Além disso, foi observado que a história evolutiva do WSSV pode estar relacionada a eventos de recombinação e que esses eventos, de algum modo, podem ser traçados analisando as regiões homólogas do WSSV. O capítulo 3 traz o sequenciamento e análise do genoma de um novo isolado brasileiro do PstDNV (PstDNV-BR17). A comparação de identidade e a filogenia mostraram que o novo isolado faz parte de uma linhagem infecciosa do PstDNV. Análises de variabilidade genética mostraram que existem poucos sítios polimórficos entre os isolados brasileiros e que essas alterações não afetam a estrutura das proteínas. A investigação da região 5’UTR revelou a presença de uma deleção no PstDNV-BR17 que altera estruturas secundárias presentes nessa região, as quais são importantes para a replicação viral. As informações obtidas a partir do estudo dos genomas poderão ser utilizadas para subsidiar a orientação de medidas de manejo e controle eficazes no combate aos problemas causados por vírus que afetam a carcinicultura.